1.科学可视化软件介绍 – 3D Slicer医学像计算平台
2.cmake历史
3.GCC 9 与 OpenMPI 4 编译安装
4.ParaView 源码编译教程
5.开源科学工程技术软件介绍 – 离散事件仿真软件OMNeT++
6.科学可视化软件介绍 – 医学图像处理和可视化开放软件框架MRtrix3

科学可视化软件介绍 – 3D Slicer医学像计算平台

       3D Slicer是用pw源一款开源软件，专门用于医学、用pw源生物医学及其他3D图像和Mesh网格的用pw源可视化、处理、用pw源分割和分析。用pw源历经多年发展，用pw源做差价源码3D Slicer已成为专注于临床和生物医学应用的用pw源桌面平台软件。个人与机构开发了基于其的用pw源免费或商用插件、定制化软件，用pw源形成了一个知识丰富的用pw源医疗计算社区。这款软件起源于年，用pw源由哈佛医学院的用pw源外科规划实验室与麻省理工学院人工智能实验室合作项目。年发布了Slicer 3的用pw源全新版本，年5月发布Slicer 3.2，用pw源年1月发布Slicer 4，用pw源图形用户界面迁移到QT。最新版本为年6月发布的Slicer 5.0，截至年月，版本为5.6.1。

       3D Slicer的官方网站是slicer.org，其源代码在GitHub上，地址为github.com/Slicer/Slice...。以下是一些3D Slicer的可视化应用截图，提供直观的展示。更多关于3D Slicer的信息可参考slicer.org/wiki/Main_Page、openhealthnews.com/news、ilp.mit.edu/node/、slicer.org/wiki/Slicer4、discourse.slicer.org/t/...等资料。

       此外，还有其他多款科学可视化软件介绍系列文章，覆盖VisIt、spec源码分析Inviwo、Voreen、MegaMol、Paraview、ROOT、Mayavi、PyQtGraph、vedo、Glumpy、SCIRun、Vispy、K3D-jupyter、VTK、yt、Veusz、PyVista、TTK、Ipyvolume、Polyscope等。这些软件各具特色，广泛应用于科学计算、数据可视化等领域。

cmake历史

       CMake的诞生源于美国国家医学图书馆的一项名为"Visible Human Project"的专案，该项目的Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK) 需要一个跨平台的构建解决方案。它的灵感源于Ken Martin开发的pcmaker，后者是为了支持开放源代码的三维图形和视觉系统Visualization Toolkit (VTK)。VTK后来也采用了CMake，这是Kitware公司Bill Hoffman的功劳，他借鉴了pcmaker的一些核心理念，并结合了GNU构建系统的功能，对CMake进行了创新。下载swagger源码CMake的首次实现是在年，随着年初的快速发展，其功能得到了众多开发者们的贡献和改进。VXL社区，如采用CMake的开发者，提供了许多关键功能，Brad King为支持CABLE和GCC-XML的自动化包装工具加入了额外特性。奇异公司的研发部门将其用于内部测试系统DART，而洛杉矶的洛斯阿拉莫斯国家实验室（Los Alamos National Laboratory）的Advanced Computing Lab在采用ParaView的并行视觉系统时，也为CMake增添了支持功能，以促进其在复杂环境中的应用。

       随着时间的推移，CMake逐渐成为了一个强大的构建工具，不仅服务于最初的项目，还被广泛应用于各种软件开发中，成为跨平台构建的标准选择，体现了Kitware团队和开发者社区的集体智慧与努力。

GCC 9 与 OpenMPI 4 编译安装

       文章标题：GCC 9 与 OpenMPI 4 编译安装

       在文献中发现HLBM模型用于模拟粒子流，该模型已在OpenLB 1.5中植入。为尝试使用，需OpenLB 1.5支持C++及并行OpenMPI 3.1或4.1。由于课题组节点的GCC版本为4.8.5，且无法联网，且无root权限，因此选择在节点上编译安装GCC 9.5.0和OpenMPI 4.1.4。

       本文在CentOS 7.9（虚拟机）与RedHat 7.5（节点）上进行了测试，均无报错。

       GCC 9.5.0编译安装

       首先从清华源下载GCC 9.5.0源码和依赖包，依赖包的下载建议在联网的Linux机上，先解压GCC源码包，执行./contrib/download_prerequisites自动下载依赖包。蜘蛛密友源码然后，将所有文件上传到节点。

       将源码包和依赖包保存在/home/username/pack下，安装路径为/home/username/App，环境变量脚本放在/home/username/Script。编译GCC 9.5.0时，需要大约9GB硬盘空间（解压后1GB，编译中间文件6G，安装文件1.4GB）与1小时左右的机时（视硬件情况）。编译过程分为三步：设置configure、生成Makefile、执行Makefile进行编译、安装。

       在编译时，建议使用绝对路径设置configure，并且使用--disable-multilib只编译位的库、--enable-bootstrap追踪错误信息、--enable-checking=release以Debug方式编译。安装后，通过source ~/Script/enable_gcc-9.5.0.sh设置环境变量，以避免与系统GCC4.8.5冲突。

       OpenMPI 4.1.4编译安装

       OpenMPI 4.1.4的安装过程与GCC相似。下载源码后，执行自动编译安装。同样需要设置环境变量，以在需要使用时快速启动。

       OpenLB 1.5编译测试

       从OpenLB官网下载源码，根据安装指南设置环境变量，进行编译测试。测试结果保存在tmp文件夹中，可通过paraview打开进行后处理。溯源码出货

ParaView 源码编译教程

       ParaView-5..0的源码在年月日，由作者陌尘分享了一个Windows H2平台下的编译教程，使用了Visual Studio 、CMake 3..1 x版本，以及Qt 5..、Python 3..8和Microsoft MPI v.1.2作为依赖。请注意，编译过程和环境设置可能需要根据个人的设备和需求进行调整，参考链接为Building ParaView。

       步骤1：首先，确保从ParaView官网下载最新源码，GitHub上的版本可能缺少VTK模块，因此直接从官方获取是必要的。

       步骤2：接着，进行CMake配置，这是编译过程的关键步骤，通过CMake工具将源代码与编译器和依赖项连接起来，生成可编译的项目文件。

       步骤3：配置完毕后，使用Visual Studio 打开生成的项目文件，开始VS编译过程。确保所有依赖项已经正确安装并配置，然后启动编译，生成ParaView的可执行文件。

开源科学工程技术软件介绍 – 离散事件仿真软件OMNeT++

       离散事件仿真在生产制造、交通、物流、通讯、医疗、军事等领域广泛应用，OMNeT++作为一款开源、组件化、模块化、开放式体系结构的仿真环境，提供强大的图形用户界面和可嵌入的仿真内核，主要应用于通信网络仿真，同时也成功应用于其他领域，如计算机信息系统、排队网络、硬件架构和业务流程模拟等。OMNeT++的图形用户界面基于Eclipse，提供图形化运行时环境和多种工具。支持实时仿真、网络仿真、数据库集成等功能通过各种扩展模块实现。安装程序可以从官方网站下载，源代码在GitHub上。OMNeT++支持多种语言协作开发，包括C、Java、C++等，运行于Windows、MacOS和Linux操作系统。它有成熟的社区支持，提供基于OMNeT++的仿真模型和工具。此外，OMNeT++有商业版本可供选择。关于OMNeT++的功能、版本、社区和商业版本的详细信息，请参考官方网站和相关链接。除了OMNeT++，还有许多其他开源和商业科学工程技术软件，涵盖了科学可视化、电子设计自动化、生物力学分析、天文、计算流体力学、医学图像处理等多个领域。以下是一些示例软件介绍：

       - VisIt：科学可视化软件

       - Inviwo：科学可视化软件

       - Voreen：科学可视化软件

       - Paraview：科学可视化软件

       - ROOT：科学可视化软件

       - Mayavi：科学可视化软件

       - PyQtGraph：科学可视化软件

       - vedo：科学可视化软件

       - Glumpy：科学可视化软件

       - SCIRun：科学可视化软件

       - Vispy：科学可视化软件

       - K3D-jupyter：科学可视化软件

       - VTK：科学可视化软件

       - yt：科学可视化软件

       - Veusz：科学可视化软件

       - PyVista：科学可视化软件

       - TTK：科学可视化软件

       - Ipyvolume：科学可视化软件

       - Polyscope：科学可视化软件

       - GLVis：科学可视化软件

       - 3D Slicer：医学图像计算平台

       - libigl：科学可视化软件

       - F3D：桌面版3D文件查看器

       - morphologica：数据可视化工具包

       - MNE：人类神经生理学数据可视化

       - Glue：科学可视化软件

       - GR framework：科学可视化软件

       - Visualization Library：可视化中间件

       - Visvis：科学可视化软件

       - MeteoInfo：科学可视化软件

       - VisTrails：科学可视化软件

       - Blue Brain BioExplorer：科学可视化软件

       - DataLab：科学可视化软件

       - GeoJS：科学可视化软件

       - CIGVis：科学可视化软件

       - VIVID3D：科学可视化软件

       - PlotlyJS.jl：科学可视化软件

       - PyMOL：科学可视化软件

       - OpenSceneGraph：科学可视化软件

       - VMD：科学可视化软件

       - Rerun：科学可视化软件

       - FURY：科学可视化软件

       - VisNow：科学可视化软件

       - Graphia：可视化分析软件

       - MRIcroGL：医学图像查看器

       - rviz：机器人开发可视化工具

       - PyGMT：通用地图工具

       - NGL Viewer：分子可视化软件

       - OpenSpace：太空可视化软件

       - S3Dlib：Matplotlib三维加强版

       - JSXGraph：交互式数学可视化软件

       - ChimeraX：分子可视化软件

       - Friture：音频数据可视化软件

       - SciDAVis：科学数据分析和可视化软件

       - LavaVu：科学可视化工具

       - MRtrix3：医学图像处理和可视化开放软件框架

       - LabPlot：数据可视化和分析软件

       - VIAMD：分子动力学可视化交互分析软件

       - FluoRender：共焦显微镜数据可视化软件

       这些软件在各自领域内提供强大的功能，满足不同的需求，从数据可视化到仿真分析，覆盖广泛的应用场景。了解这些软件可以帮助您在相关领域内选择合适的工具进行工作或研究。

科学可视化软件介绍 – 医学图像处理和可视化开放软件框架MRtrix3

       MRtrix3是一款专注于弥散磁共振成像（diffusion MRI）的大脑研究的开源跨平台软件包，它在医学图像处理、分析和可视化方面表现出色。MRtrix3采用快速、模块化和灵活的通用代码框架，使得新应用程序的开发变得高效。该软件使用C++进行开发，图形用户界面基于Qt构建，底层渲染则依赖于OpenGL。

       MRtrix3支持Windows、macOS和Linux操作系统，提供详细的安装指南，用户可以访问mrtrix.org/download/获取。详细的文档在mrtrix.readthedocs.io上提供，源代码则在Github的github.com/MRtrix3/mrtrix3中公开。

       MRtrix3于年7月发布了3.0版本的release candidate 1，并经历多年持续更新，当前版本为年月的3.0.4版。除了核心功能，它还提供了丰富的示例截图，帮助用户更好地理解和使用。

       作为一款在医学图像领域中颇具影响力的可视化软件，MRtrix3与一系列相关软件并列，共同构成了科学可视化软件的丰富生态，包括但不限于VisIt、Inviwo、Voreen、MegaMol、Paraview、ROOT、Mayavi、PyQtGraph、vedo、Glumpy、SCIRun、Vispy、K3D-jupyter、VTK、yt、Veusz、PyVista、TTK、Ipyvolume、Polyscope、GLVis、3D Slicer、libigl、F3D、morphologica、MNE、Glue、GR framework、Visualization Library、Visvis、MeteoInfo、VisTrails、Blue Brain BioExplorer、DataLab、GeoJS、CIGVis、VIVID3D、PlotlyJS.jl、PyMOL、OpenSceneGraph、VMD、Rerun、FURY、VisNow、Graphia、MRIcroGL、rviz、PyGMT、NGL Viewer、OpenSpace、S3Dlib、JSXGraph、ChimeraX、Friture、SciDAVis、LavaVu等。

ParaView科学数据分析软件V官方版ParaView科学数据分析软件V官方版功能简介

       大家好,关于ParaView(科学数据分析软件) V5.8.0 官方版，ParaView(科学数据分析软件) V5.8.0 官方版功能简介这个很多人还不知道,现在让我们一起来看看吧！

       ParaView是一款开源，多平台的数据分析和可视化应用程序。让用户可以使用定性和定量技术快速构建可视化文件来分析其数据。可以使用ParaView的批处理功能以3D交互方式或以编程方式进行数据浏览。

       ParaView的开发目的是使用分布式内存计算资源来分析超大型数据集。它可以在超级计算机上运行以分析PB级数据集，也可以在笔记本电脑上运行以获取较小数据，已经成为许多国家实验室，大学和工业界不可或缺的工具，并赢得了与高性能计算有关的多个奖项。

功能说明

       气候研究气候数据分析工具，CDAT项目将ParaView与其他开放源代码工具结合使用，以使分析人员能够跟踪，监视和预测气候变化。

       CFD模拟使用ParaView进行的计算流体动力学，CFD仿真使航空团队能够研究升力和阻力，从而提高设计效率。

       沉浸式数据通过使用ParaView将自己沉浸在数据中，研究人员可以以更直观的方式交互式地探索数据。

       云解析模拟使用ICON HighRes在德国进行云解析模拟

       PHASTA和ParaView催化剂使用PHASTA和ParaView Catalyst对应用于实际机翼轮廓的流量控制进行高保真CFD仿真。

       异型射流穿透ALEGRA模拟可对陶瓷板中的聚能射流进行穿透。