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1.使用gdb调试MPI——案例教学
2.ParaView 源码编译教程
3.OpenMPI编译
4.Linux虚拟机安装、openmp与mpi并行环境配置
5.LAMMPS 软件的安装与运行
6.GROMACSGROMACS安装流程

使用gdb调试MPI——案例教学

       多进程并行程序调试不同于传统串行进程，本文通过实际案例，介绍如何使用GDB调试MPI。

       源代码中，仅一个进程因索引越界导致程序崩溃，asp源码打包设置仅myID=2的进程崩溃，并保存为mpiDebug.cpp文件。

       编译并运行四个进程，发现程序中止，出现崩溃报错信息。

       重点是找出崩溃进程的PID，需在代码前添加判断语句，重新编译并运行。

       终端输出所有进程PID，基于PID进行gdb调试。

       调试四个进程，PID为~，启动gdb进入调试环境。

       通过attach指令逐一连接PID，以PID=为例，打断点在sleep()函数第行。layer7 源码

       运行程序，输入c，遇到断点，将当前进程j设置为0，令其跳出循环，继续执行。

       逐一尝试剩余进程，发现问题进程在gdb内显示错误信息，通过backtrace查看调用栈，定位到main函数和SomeErrors()函数。

       进入8号栈帧，查看栈帧信息，发现a[6]=4出错，完成bug定位。

ParaView 源码编译教程

       ParaView-5..0的源码在年月日，由作者陌尘分享了一个Windows H2平台下的编译教程，使用了Visual Studio 、CMake 3..1 x版本，以及Qt 5..、Python 3..8和Microsoft MPI v.1.2作为依赖。请注意，arm gpu 驱动 源码编译过程和环境设置可能需要根据个人的设备和需求进行调整，参考链接为Building ParaView。

       步骤1：首先，确保从ParaView官网下载最新源码，GitHub上的版本可能缺少VTK模块，因此直接从官方获取是必要的。

       步骤2：接着，进行CMake配置，这是编译过程的关键步骤，通过CMake工具将源代码与编译器和依赖项连接起来，生成可编译的项目文件。

       步骤3：配置完毕后，使用Visual Studio 打开生成的项目文件，开始VS编译过程。确保所有依赖项已经正确安装并配置，然后启动编译，生成ParaView的可执行文件。

OpenMPI编译

       OpenMPI：开源MPI编译与使用指南

       OpenMPI是一个免费且开源的MPI实现，遵循MPI-1和MPI-2标准，由社区大力支持，适用于多种高性能计算平台，qtopia4源码以卓越性能著称。最新版本openmpi-1.6+可从其官方网站 open-mpi.org 下载源码进行安装。

       安装OpenMPI以1.6.3为例：

       解压并进入安装目录：

        $ tar zxvf openmpi-1.6.3.tar.gz

        $ cd openmpi-1.6.3

       使用配置选项进行编译，例如使用Intel工具链：

        $ ./configure --prefix=/public/software/mpi/openmpi--intel --enable-mpirun-prefix-by-default --without-psm CC=icc CXX=icpc FC=ifort F=ifort

       执行make并安装：

        $ make -j 8 && make install

       配置环境变量，确保正确路径：

        vim /public/software/profile.d/openmpi-intel-env.sh

       安装时注意，OpenMPI会检测本地通信设备，可能需要OFED驱动支持InfiniBand网络。使用ompi_info命令检查配置信息。

       编写MPI程序时，OpenMPI提供了多种语言的编译器，如mpicc、mpicxx等。例如，C/C++代码的编译示例如下：

       $ source /public/software/profile.d/openmpi-intel-env.sh

       $ mpicc -o hello hello.c

       运行MPI程序使用mpirun命令，如启动N个进程在指定节点上运行：

       $ mpirun -np N -hostfile

       其中，-np N定义进程数量，-hostfile指定计算节点及其资源分配。

       总之，OpenMPI的安装、编译和运行都有其特定步骤，遵循这些指南，spring boot框架源码你就能在HPC平台上有效地使用OpenMPI进行并行计算。

Linux虚拟机安装、openmp与mpi并行环境配置

       使用VMware Workstation Pro安装Linux虚拟机。

       前往VMware官网下载Workstation Pro的安装包。

       双击运行安装，按照向导步骤点击下一步完成设置。

       在体验设置中建议勾选安装相关选项并点击下一步。

       设置快捷方式，完成安装步骤。

       输入许可证码（如：YF-0HF8P-MRQ-2DXQE-M2UT6）。

       虚拟机安装完成，通过桌面快捷方式启动。

       下载Ubuntu镜像文件，利用清华大学开源软件镜像站加速。

       在VMware中创建新的虚拟机，选择自定义设置。

       安装配置中，选择“稍后安装操作系统”，并选择Linux系统。

       填写虚拟机名称和配置内存大小（如4GB）。

       设置网络、磁盘类型和大小，配置完成后，添加ISO映像文件。

       开启虚拟机，安装过程包括选择键盘布局、操作系统安装模式、安装位置等。

       安装过程中选择最小安装选项并输入必要信息。

       等待安装完成，重启虚拟机。

       Ubuntu安装完毕后即可使用。

       在Linux环境配置并行环境。

       打开终端，更新系统：运行sudo apt update。

       安装C++语言和OpenMP相关软件包，执行sudo apt install build-essential命令。

       验证OpenMP成功安装：输入gcc -v。

       安装MPI环境，首先从MPICH网站下载源码包mpich-4.0.2.tar.gz，然后解压并配置安装路径：./configure -prefix=/home/lpf/mpi。

       编译并安装MPI，使用sudo make安装。

       配置环境变量，打开~/.bashrc，在文件末尾添加以下内容：

       export MPI_ROOT=/home/lpf/mpi/mpi4

       export PATH=$MPI_ROOT/bin:$PATH

       export MANPATH=$MPI_ROOT/man:$MANPATH

       验证环境变量配置，使用which命令。

       检查并行环境配置，执行mpirun -np 4 ./cpi命令进行测试。

       成功输出表示并行环境配置完成。

LAMMPS 软件的安装与运行

       LAMMPS软件的安装与运行

       LAMMPS软件有可执行程序和源代码两种安装方式。选择方式需考虑电脑操作系统、科研需求、编程能力与学习目标。在Windows操作系统下，可直接安装官方提供的可执行程序，以获取最新特性。Linux操作系统推荐通过编译源代码安装，以获得高度灵活性并能选择安装特性，若需贡献代码，此方式尤为关键。

       LAMMPS软件最新版本为2 Aug 。

       对于Windows用户，可从以下链接下载安装文件：

        rpm.lammps.org/windows/

       选择适合的可执行文件，如LAMMPS-bit-Python-2Aug-MSMPI.exe（具备MPI并行与Python功能）以及msmpisetup.exe以支持MPI。注意，同一台电脑上只允许安装一个版本的LAMMPS，建议安装最新版本。安装步骤遵循指引完成。

       在Windows控制台程序中使用LAMMPS。具体步骤为切换至LAMMPS所在目录，并通过命令执行。

       Windows用户可参考官方链接获取更多注意事项。

       对于Linux用户，可采用make或CMake编译源代码。推荐使用CMake，因其现代化且功能强大。编译过程分为两步：创建build环境与编译LAMMPS。在cmake文件夹中，CMakeLists文本文件允许通过-D VAR_NAME=value调整设置，启用或禁用特定功能。

       编译前，需完成源码下载与CMake安装准备工作。接着，执行编译步骤。在Python中调用LAMMPS以验证安装成功。

       若Linux用户需卸载LAMMPS以重新安装其他版本或删减特性，只需重新执行编译步骤。

       本文提供LAMMPS软件安装与运行的指南，包括Windows与Linux用户应采取的不同方法。请在留言区提出任何疑问与反馈，以便进一步完善指南。

GROMACSGROMACS安装流程

       本文详细介绍了GROMACS的安装流程，包括解压缩源码包、编译特定组件以及设置环境变量等步骤。以下是安装GROMACS的详细步骤：

       1. 解压缩fftw，lam-mpi和gromacs源码包：

       解压缩fftw源码包：使用命令`tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz`执行解压操作。

       解压缩gromacs源码包：使用命令`tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz`进行解压。

       解压缩lam-mpi源码包：使用命令`tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz`完成解压。

       2. 编译lam-mpi：

       切换到lam-7.1.3目录：使用`cd lam-7.1.3`进行切换。

       配置编译选项：执行`./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"`，注意可以省去`--without-fc`以编译mpif。

       编译和安装：运行`make`进行编译，随后使用`make install`进行安装。

       3. 设置MPI环境变量：

       添加路径变量：在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin`。

       4. 编译fftw的单双精度版本：

       切换到fftw-3.1.2目录：使用`cd fftw-3.1.2`进行切换。

       配置编译选项：执行`./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2`进行配置。

       编译并安装：运行`make`进行编译，之后使用`make install`进行安装，最后执行`make distclean`清理编译残留。

       编译fftw的单精度版本：执行`./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2`进行配置。

       5. 设置fftw环境变量：

       设置编译器参数：执行`export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include`和`export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib`。

       6. 编译gromacs：

       切换到gromacs-3.3.1目录：使用`cd gromacs-3.3.1`进行切换。

       配置编译选项：执行`./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi`进行配置。

       编译并安装：运行`make`进行编译，之后使用`make install`进行安装，最后执行`make distclean`清理编译残留。

       7. 设置gromacs环境变量：

       添加路径变量：在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin`。

       8. 附加步骤：编译gromacs源包中的其他文件（可选）：执行`make contrib`进行编译。

       更新：对于gromacs-4.0、fftw-3.2.1和lam7.1.4，安装流程与上述方法完全相同，只需更换相应的目录即可。

扩展资料

       GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.[1]

如何在MacBook上安装gromacs

       MacBook上gromacs安装流程：

       (1) 解压缩fftw，lam-mpi，gromacs源码

       tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz

       tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz

       tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz

       (2) 编译lam-mpi

       cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"

       make

       make install

       æ³¨ï¼š--without-fc是不编译mpif，可以去掉

       (3) 添加mpi环境变量

       export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin ( append to .bashrc)

       (4) 编译fftw单双精度版

       cd fftw-3.1.2

       ./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2

       make

       make install

       make distclean

       ./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2

       (3) 设置fftw环境变量

       export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include

       export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib

       (4) 编译gromacs

       cd gromacs-3.3.1

       ./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi

       make

       make install

       make distclean

       ./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --program-suffix=_d --enable-mpi --disable-float

       (5) 设置gromacs环境变量

       export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin ( append to .bashrc)

       (6) 编译gromacs源包里的其它文件（可选）

       make contrib