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1.snippy calling snps 群体snp分析
2.Rstudio service安装记录

snippy calling snps 群体snp分析

       Snippy 是一个用于快速单倍体变体调用和核心基因组比对的工具。它能在单倍体参考基因组和您的NGS序列读数之间发现SNP，包括替换（snps）和插入/删除（indels）。Snippy 会尽可能使用更多的CPU，因为它可以在一台计算机上使用多达个内核。它的随机森林模型源码分析设计注重速度，并在一个文件夹中生成一组一致的输出文件。此外，它可以使用相同的参考获取一组Snippy结果，并生成核心SNP比对，最终生成系统发育树。

       安装 Snippy 时，推荐使用 conda 进行依赖安装。金融企业网站源码源码安装时可能会因为共享库文件不匹配的问题导致snippy自带的一些第三方软件无法使用，如samtools、bcftools、freebayes等。在检查所有依赖项是否已安装并正常工作之前，请注意，由于snippy最新一次更新是//，其他软件或已更新。目前已知使用的snpeff版本不能是最新版（v5.1），需要上一个版本：snippy=4.6.0和snpeff=5.0兼容（测试时间//）。如遇执行问题，可检查依赖软件版本问题，新闻发布系统 jsp源码此处列出snippy=4.6.0版本的依赖软件版本。

       Snippy 可以使用双端测序的reads数据，对于没有reads的细菌菌株，可以使用基因组文件或contigs.fa 文件。其原理是模拟二代测序将基因组文件拆分成生成reads的fq文件用于比对。需要注意的是，作为输入的FASTA文件夹不能存在带文件夹的相对路径，必须在当前目录。例如，/its1/GB_BT2/yzhishuang/data/tem/snippy/Yb2_genomic.fna 或者 Yb2_genomic.fna 可以，但是./Yb2_genomic.fna不行（经测试这个问题仅出现在集群服务器运行时，普通linux系统不存在此问题）。android微信界面源码

       输出文件支持TAB、CSV、HTML格式的列。如果提供Genbank文件--reference而不是FASTA文件，Snippy将使用基因组注释填写这些额外的列，以告诉您哪个功能受到变体的影响。详细查看变体可查看 snippy-vcf_report。如果您使用该--report选项运行Snippy，它将自动运行 snippy-vcf_report 并为每个SNP生成包含以下内容的部分snps.vcf。如果希望在运行Snippy 后生成此报告，可以直接运行它。如果要在Web浏览器中查看HTML版本，第二行代码源码请使用以下--html选项。它适用samtools tview于每个变体的运行，如果您有个变体，这可能会非常慢。使用--cpus建议尽可能高。

       Snippy 可以产生“核心SNP”的比对，可用于构建高分辨率的系统发育（忽略可能的重组）。核心位点是存在于所有样品中的基因组位置，可以是单态或多态。如果我们忽略“ins”，“del”变种类型的并发症，并且只使用变异位点，则这些是“核心SNP基因组”。为了简化针对相同引用的一组隔离序列（reads或contigs）的运行，可以使用 snippy-multi 脚本。此脚本需要一个制表符分隔的输入文件，可以处理双端测序reads，单端reads和组装的contigs。然后就可以运行它来生成输出脚本。第一个参数应该是input.tab文件。其余参数应为任何剩余的共享snippy参数。在ID将用于每个分离的--outdir。命令：它还将snippy-core在最后运行以生成核心基因组SNP比对文件core.*。

       Snippy 不能直接用于群体snp calling 分析，但是利用snippy-multi多菌株snp calling 基于生成的bam文件可以一步分析得到群体合并在一个vcf 文件里面的变异信息，用于下游的分析。重要步骤：使用freebayes-parallel并行freebayes 从全部个体的bam文件中分析变异信息。一个运行脚本全文：

Rstudio service安装记录

       确保安装了R，如使用conda安装，则需配置路径。

       访问Rstudio或posit下载页面获取Rstudio Server。

       选择合适的服务版本，如果没有适合的，可考虑源代码构建，但过程复杂，通常建议使用现成版本。

       执行所有操作时建议使用root用户以避免权限问题。

       调整配置文件以管理Rstudio服务，如database.conf、rserver.conf和rsession.conf。

       重启服务检查是否有错误。

       遇到网页登录密码正常但登录异常的问题，可能是因为登录账号的home目录权限问题。

       查阅日志文件以找出错误源头，重点是查找权限相关错误信息。

       确认执行文件存放位置不符合规范，应位于/usr/bin/而非/usr/lib/rstudio-server/bin/。

       执行相关代码，参考在线资源解决 SELinux 下的运行问题，然后重启Rstudio。

       使用systemctl确保Rstudio正确启动。

       访问Rstudio成功。

       个人经历：近期协助女友进行宏基因组数据分析工作。医检所在NGS流程中关注的是物种组成，一般提供临床用药建议，较少进行科研级的通路注释或差异分析。宏基因组分析与医检所流程相似，都是为了识别样本中存在什么微生物及其活动，这对后续研究和治疗方案设计至关重要。

       工作环境挑战：公司提供的Windows电脑性能有限，尤其是内存只有8GB，同时运行多个程序后资源紧张。由于公司IT部门不支持额外内存配置，且行政采购没有提供内存选项，个人在寻找解决方案。工作站内存虽然容量大但线程数有限，考虑到安装Rstudio-service可以满足当前需求。