1.如何在MacBook上安装gromacs
2.LAMMPS简介
3.GROMACSGROMACS安装流程
4.ParaView 源码编译教程
5.5 流水线模式
6.SS528V100 22AP30Hi3531DV200开发注意事项

如何在MacBook上安装gromacs

       MacBook上gromacs安装流程：

       (1) 解压缩fftw，lam-mpi，gromacs源码

       tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz

       tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz

       tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz

       (2) 编译lam-mpi

       cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"

       make

       make install

       æ³¨ï¼š--without-fc是不编译mpif，可以去掉

       (3) 添加mpi环境变量

       export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin ( append to .bashrc)

       (4) 编译fftw单双精度版

       cd fftw-3.1.2

       ./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2

       make

       make install

       make distclean

       ./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2

       (3) 设置fftw环境变量

       export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include

       export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib

       (4) 编译gromacs

       cd gromacs-3.3.1

       ./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi

       make

       make install

       make distclean

       ./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --program-suffix=_d --enable-mpi --disable-float

       (5) 设置gromacs环境变量

       export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin ( append to .bashrc)

       (6) 编译gromacs源包里的其它文件（可选）

       make contrib

LAMMPS简介

       LAMMPS，即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，被广泛应用于分子动力学相关计算与模拟。其功能涵盖从气态、液态到固态，以及不同系统组态下的crmchat源码百万级原子分子体系。LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发，并以GPL许可发布，这意味着用户可以自由获取并根据需要修改源代码。该软件具备良好的并行扩展性，支持分布式内存MPI，并通过空间分解模拟领域实现并行计算。LAMMPS以C++编写，兼容MPI和单处理器FFT等可选库，便于用户扩展新特性和功能。

       LAMMPS运行基于输入脚本，提供定义和使用变量、公式以及循环控制的语法，允许用户从一个脚本中同时运行一个或多个模拟（并行）。其支持广泛的应用场景，包括但不限于材料科学、化学、生物学等领域的研究，为用户提供了一种高效、手机视频电影源码灵活的计算模拟工具。

       作为一个开源软件，LAMMPS不仅提供了强大的计算能力，还具有高度的可扩展性和灵活性，使得科研人员能够根据具体需求进行定制化开发。在多个科学领域中，LAMMPS成为分子动力学模拟的首选工具之一，为科学家提供了深入理解复杂系统行为的有力工具。

GROMACSGROMACS安装流程

       本文详细介绍了GROMACS的安装流程，包括解压缩源码包、编译特定组件以及设置环境变量等步骤。以下是安装GROMACS的详细步骤：

       1. 解压缩fftw，lam-mpi和gromacs源码包：

       解压缩fftw源码包：使用命令`tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz`执行解压操作。

       解压缩gromacs源码包：使用命令`tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz`进行解压。

       解压缩lam-mpi源码包：使用命令`tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz`完成解压。

       2. 编译lam-mpi：

       切换到lam-7.1.3目录：使用`cd lam-7.1.3`进行切换。

       配置编译选项：执行`./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"`，注意可以省去`--without-fc`以编译mpif。

       编译和安装：运行`make`进行编译，随后使用`make install`进行安装。

       3. 设置MPI环境变量：

       添加路径变量：在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin`。

       4. 编译fftw的单双精度版本：

       切换到fftw-3.1.2目录：使用`cd fftw-3.1.2`进行切换。

       配置编译选项：执行`./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2`进行配置。爆拉指标源码

       编译并安装：运行`make`进行编译，之后使用`make install`进行安装，最后执行`make distclean`清理编译残留。

       编译fftw的单精度版本：执行`./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2`进行配置。

       5. 设置fftw环境变量：

       设置编译器参数：执行`export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include`和`export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib`。

       6. 编译gromacs：

       切换到gromacs-3.3.1目录：使用`cd gromacs-3.3.1`进行切换。

       配置编译选项：执行`./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi`进行配置。

       编译并安装：运行`make`进行编译，之后使用`make install`进行安装，最后执行`make distclean`清理编译残留。

       7. 设置gromacs环境变量：

       添加路径变量：在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin`。

       8. 附加步骤：编译gromacs源包中的其他文件（可选）：执行`make contrib`进行编译。

       更新：对于gromacs-4.0、fftw-3.2.1和lam7.1.4，安装流程与上述方法完全相同，只需更换相应的目录即可。

扩展资料

       GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.[1]

ParaView 源码编译教程

       ParaView-5..0的源码在年月日，由作者陌尘分享了一个Windows H2平台下的编译教程，使用了Visual Studio 、CMake 3..1 x版本，以及Qt 5..、Python 3..8和Microsoft MPI v.1.2作为依赖。请注意，龙喵牛牛源码编译过程和环境设置可能需要根据个人的设备和需求进行调整，参考链接为Building ParaView。

       步骤1：首先，确保从ParaView官网下载最新源码，GitHub上的版本可能缺少VTK模块，因此直接从官方获取是必要的。

       步骤2：接着，进行CMake配置，这是编译过程的关键步骤，通过CMake工具将源代码与编译器和依赖项连接起来，生成可编译的项目文件。

       步骤3：配置完毕后，使用Visual Studio 打开生成的项目文件，开始VS编译过程。确保所有依赖项已经正确安装并配置，然后启动编译，生成ParaView的可执行文件。

5 流水线模式

       流水线模式旨在通过并行操作多个硬件资源来提高计算性能，类似于指令流水线。这种模式在处理器的多个流水线单元上并行执行无依赖的指令，从而实现高性能。超标量和VLIW处理器通常配备多个执行单元，这些单元可以执行并行或流水线指令。跳转微信源码

       指令流水线优化需要深入了解处理器延迟、吞吐量和编译器能力，因此操作较为复杂。通常，C语言不适用于此类优化，而汇编语言则能提供精确控制。指令流水线优化常应用于对性能要求高的场景，如矩阵乘法。

       优化方法之一是修改源代码，以便编译器生成所需指令序列，然后基于生成的汇编代码进行调整。重点是去除指令间的依赖，例如，优化循环展开代码，使循环内语句并行执行。通过修改代码，如代码清单1-1到1-2所示，可以显著提升性能。

       在使用汇编语言进行指令级并行优化时，建议先尝试内置函数生成所需代码，若不成功，则基于现有代码进行修改以实现目标。

       流水线模式不仅针对指令流水线，还抽象和提升了并行操作的层次，适用于多种计算场景。在集群计算中，流水线模式结合异步通信能有效隐藏通信延迟。在单个节点上，通过异步IO可以同时进行计算和I/O操作，从而掩盖延迟。在单个核心中，合理安排访问顺序和依赖，以充分利用多通道内存带宽。

       对于串行代码，如代码清单1-3所示的示例，通过异步IO实现流水线模式，可以同时执行多个操作，如加载数据和计算。关键在于识别并消除操作间的伪依赖，如代码清单1-4所示。C++线程也支持类似异步操作，通过并发执行computeSqureSum函数，实现性能提升。在CUDA中，内核执行的异步特性允许设计不依赖异步IO的流水线模式。

       对于MPI实现，通过异步通信隐藏通信延迟，但可能面临负载不平衡问题。流水线模式常见问题包括难以流水、访存与计算时间差异过大以及资源竞争。复杂流水线构建虽挑战大，但并非不可克服。通过CUDA流，可以实现CPU、GPU和PCIe同时运算，利用流水线模式加速计算，如代码清单1-9至1-所示。

SSV APHiDV开发注意事项

       一、在反复开关视频采集编码程序一定次数后，mpp会全局初始化失败，只能重启开发板才能恢复。初步排查有可能是VB设置cfg失败，尝试在启动编码程序时，调用hi_mpi_sys_exit()和mpi_vb_exit(),再调用想要的init()，但是出问题的时候，仍旧是恢复不了；

       解答思路：这种大概率是程序获取了vb没释放导致的，处理方式有两种：1.排查程序资源释放，在调用hi_mpi_sys_exit()和mpi_vb_exit()确保所有vb正确释放；2.开启强制销毁vb，这么做有一定的风险，建议优先按方式1处理；

       二、SSV 光电冗余备份，光口不自识别千兆

       **问题描述**使用RTLF网卡芯片，作为光电冗余备份，光口仅能识别到Mbps，需要使用ethtool工具设置后方可识别到1Gbps，电口正常；请问如何设置能使光口主动识别到千兆？所处环境：室内，SFP-GE-LX-SM千兆单模光模块，RTLF网卡芯片

       解答思路：用ethtol工具强制千兆；

       三、ss 系统启动后，第一次执行sample_audio 录音失败

       问题描述：1、系统启动（上电启动或reboot重启）后，第一次执行sample_audio录音失败。2、之后再次执行就正常了。所处环境：ubuntu . lts server

       解答思路：主从模式改一下。

       四、ssv uboot 不需要压缩，怎么去除

       问题描述：ssv uboot 启动慢，该怎么去除压缩？所处环境：ubuntu . lts server

       解决思路：要去除SSV U-Boot的压缩，你可以按照以下步骤进行操作：1、在Ubuntu . LTS Server上安装所需的工具链。你可以使用以下命令安装：sudo apt-get update sudo apt-get install build-essential；2、下载SSV U-Boot源代码。你可以从相关网站或官方渠道获取源代码，并将其解压到一个目录中；3、进入U-Boot源代码目录，并打开include/configs/your_board.h文件（其中your_board.h是你的开发板配置文件）。找到并注释掉以下两行代码（如果存在）：#define CONFIG_SYS_BOOTM_LEN ( << ) #define CONFIG_SYS_MALLOC_LEN ( * * )；4、打开include/config_defaults.h文件，并找到以下行：#define CONFIG_SYS_TEXT_BASE 0x。将该行修改为：#define CONFIG_SYS_TEXT_BASE 0x；5、进入U-Boot源代码目录，并执行以下命令编译U-Boot：make your_board_defconfig make；6、编译完成后，在输出目录中找到生成的u-boot.bin文件。7、将生成的u-boot.bin文件刷写至你的SSV开发板中。这样，你就成功去除了SSV U-Boot的压缩，从而提高了启动速度。请确保在进行任何修改之前备份好相关文件，以防止意外情况发生。

       解决思路2：使用预编译的uboot镜像；更新最新版SDK，E

       五、SS（HiD）编解码，图形层和视频层都绑定在同一设备层上的话，可以叠加显示吗？

       问题描述：实际场景需求：图形层做的是交互，视频层做的是拉流显示，要叠加显示

       解决思路：一般是用colorkey的方式让图形层透明让视频层显示出来。设置的是hifb的参数，只要把lvgl的背景色设置为colorkey的值就可以透明了

       六、用ffmpeg拉多个视频流的话，是不是一个流开一个vdec通道？解决思路：当使用FFmpeg来提取多个视频流时，通常会为每个视频流打开一个独立的视频解码器（vdec）通道。每个视频流都会被视为一个独立的输入，并通过相应的解码器进行解码。先从flv取出h拿去解码，再使用，不能直接使用。