1.Hifigan感受野计算
2.分子结构文件格式转换工具集锦

Hifigan感受野计算

       HIFIGAN架构解析与感受野计算

       HIFIGAN主要包括生成器和判别器，而最终推理仅需关注生成器。生成器由conve_pre、upsample*num_kernels个resblocks、conv_post三大组件构成。

       分析模型结构，linux内核源码分离感受野大小主要受resblocks影响。resblocks由三个模块组成，每个模块包含一个空洞卷积与一个传统卷积。空洞卷积相当于卷积核变大，其视野宽度取决于diated因子。一个resblocks实质等同于六个1d卷积。

       每个resblocks由三组(diated_conv1d+conv1d)构成，diated_rates为[1,3,5]。在每次卷积前，左右pad长度为(kernel_size-1)//2。以一组(diated_conv1d+conv1d)为例，包括四个卷积层，brew 源码kernel_size为3。空洞卷积的感受野大小可通过爱嘉牛LA提供的公式计算。

       总结规律，当前组所有层的卷积核大小决定最上层的感受野大小。根据公式计算，可得当前组感受野大小。

       在生成器中，通过模拟源码的卷积方式，可计算出感受野大小。基于config_v1.json配置文件，upsample_rates设定为[8, 8, 2, 2]，最终感受野为.帧。考虑到上采样后再卷积，需转换为帧的感受野大小，细节计算见源码。

分子结构文件格式转换工具集锦

       在化学文件格式转换领域，拥有众多强大工具帮助科学家、天使源码研究人员和开发者处理不同格式的分子结构数据。以下介绍的工具涵盖了广泛的功能，从开源免费到商业应用，满足不同需求。

       OpenBabel，一个开源免费的化学专家系统，支持Windows、Unix和Mac OS，广泛用于转换化学文件格式。

       Corina，由Molecular Networks发行，生成小型和中型类药分子的3D结构。

       Indigo，通用有机化学工具箱，包含终端用户工具和文档化API，开源免费，提供商业应用。qmidarea源码

       Indigo-depict，基于Indigo的命令行应用，用于渲染分子和化学反应。

       Indigo-cano，基于Indigo的命令行应用，生成canonical SMILES。

       Indigo-deco，基于Indigo的命令行应用，用于R-Groupdeconvolution。

       OMEGA，使用距离边界方法将1D或2D结构转换为3D结构，由OpenEye开发，旨在重现化合物的生物活性构象。

       TorsionAnalyzer，生成和分析小分子的3D构象工具，基于专家对SMARTS类型和形成规则的经验，导入到TorsionAnalyzer的vncview源码分子可旋转键用交通信号灯颜色标记规则、边界以及不寻常的键角。

       LigPrep，2D结构转换为3D结构工具，包括互变异构、立体化学以及离子化变体，以及能量最小化和柔性过滤，生成配体库，用于进一步计算分析。

       CACTVS，化学信息处理的通用脚本工具包，应用于PubChem，学术免费。

       ChemDiff，基于indigo的工具，用于查找包含多个结构的两个文件中的重复记录和可视化比较，支持多种文件格式。

       OSRA，能够识别和转换化学结构图形，支持多种格式，开源、免费。

       MayaChemTools，收集Perl脚本、模块和类，支持日常的计算化学需求，开源、免费。

       VLife Engine，VLifeMDS的引擎模块，包括构建、视图、编辑、修改、优化小分子和大分子的分子建模能力。

       SMART，自动识别和标记可旋转键并分配AMBER原子类型，用于准备MOL2格式的配体结构。

       ProCESS，用于FITTED准备蛋白质文件，分配残基名称、原子类型和蛋白质电荷。

       SPORES，自动准备蛋白质和配体的结构识别工具，生成连接、杂交、原子和键类型。

       PREPARE，蛋白质准备和优化的工具。

       DG-AMMOS，生成小分子三维构象用于计算机辅助筛选，免费。

       Key3D，将2D化合物结构转换成3D结构的分子建模工具，附加上原子电荷等信息。

       JOElib，化学信息学库，用于文件格式转换，Java编写，适用于多种操作系统。

       CDK (ChemistryDevelopment Kit)，生物以及化学信息学和计算化学使用的开源库，Java编写。

       MolEngine，基于Microsoft .NET的化学信息学工具包，兼容多种平台。

       RDKit，收集化学信息学和机器学习软件，用C++ 和 Python编写。

       Mol2Mol，分子文件操作及转换程序。

       Fconv，分子文件操作及转换程序。

       smid，用于将一个或多个SMILES转换为3D的程序。

       Scaffold Hunter，基于java的软件工具，用于生成和导航不同数据注释的树层次结构来探索化学空间。

       ScaffoldTreeGenerator，基于java的软件工具，独立生成树形分层数据库。

       Strip-it，从有机类药分子中提取骨架的程序。

       Fragmentizer，分解PDBs中小分子化合物的组成片段的自由和开放源码python脚本。

       Epik，列举生理条件下的配体质子化状态和互变异构体的工具。

       iBabel，Open Babel的图形界面。

       PerlMol，用perl展示分子、原子和键类型的模块。

       The SDF Toolkitin Perl 5，提供读取、解析、过滤和添加/删除属性的函数的SDF工具包。