1.Hifigan感受野计算
2.分子结构文件格式转换工具集锦
Hifigan感受野计算
HIFIGAN架构解析与感受野计算
HIFIGAN主要包括生成器和判别器,而最终推理仅需关注生成器。生成器由conve_pre、upsample*num_kernels个resblocks、conv_post三大组件构成。
分析模型结构,linux内核源码分离感受野大小主要受resblocks影响。resblocks由三个模块组成,每个模块包含一个空洞卷积与一个传统卷积。空洞卷积相当于卷积核变大,其视野宽度取决于diated因子。一个resblocks实质等同于六个1d卷积。
每个resblocks由三组(diated_conv1d+conv1d)构成,diated_rates为[1,3,5]。在每次卷积前,左右pad长度为(kernel_size-1)//2。以一组(diated_conv1d+conv1d)为例,包括四个卷积层,brew 源码kernel_size为3。空洞卷积的感受野大小可通过爱嘉牛LA提供的公式计算。
总结规律,当前组所有层的卷积核大小决定最上层的感受野大小。根据公式计算,可得当前组感受野大小。
在生成器中,通过模拟源码的卷积方式,可计算出感受野大小。基于config_v1.json配置文件,upsample_rates设定为[8, 8, 2, 2],最终感受野为.帧。考虑到上采样后再卷积,需转换为帧的感受野大小,细节计算见源码。
分子结构文件格式转换工具集锦
在化学文件格式转换领域,拥有众多强大工具帮助科学家、天使源码研究人员和开发者处理不同格式的分子结构数据。以下介绍的工具涵盖了广泛的功能,从开源免费到商业应用,满足不同需求。
OpenBabel,一个开源免费的化学专家系统,支持Windows、Unix和Mac OS,广泛用于转换化学文件格式。
Corina,由Molecular Networks发行,生成小型和中型类药分子的3D结构。
Indigo,通用有机化学工具箱,包含终端用户工具和文档化API,开源免费,提供商业应用。qmidarea源码
Indigo-depict,基于Indigo的命令行应用,用于渲染分子和化学反应。
Indigo-cano,基于Indigo的命令行应用,生成canonical SMILES。
Indigo-deco,基于Indigo的命令行应用,用于R-Groupdeconvolution。
OMEGA,使用距离边界方法将1D或2D结构转换为3D结构,由OpenEye开发,旨在重现化合物的生物活性构象。
TorsionAnalyzer,生成和分析小分子的3D构象工具,基于专家对SMARTS类型和形成规则的经验,导入到TorsionAnalyzer的vncview源码分子可旋转键用交通信号灯颜色标记规则、边界以及不寻常的键角。
LigPrep,2D结构转换为3D结构工具,包括互变异构、立体化学以及离子化变体,以及能量最小化和柔性过滤,生成配体库,用于进一步计算分析。
CACTVS,化学信息处理的通用脚本工具包,应用于PubChem,学术免费。
ChemDiff,基于indigo的工具,用于查找包含多个结构的两个文件中的重复记录和可视化比较,支持多种文件格式。
OSRA,能够识别和转换化学结构图形,支持多种格式,开源、免费。
MayaChemTools,收集Perl脚本、模块和类,支持日常的计算化学需求,开源、免费。
VLife Engine,VLifeMDS的引擎模块,包括构建、视图、编辑、修改、优化小分子和大分子的分子建模能力。
SMART,自动识别和标记可旋转键并分配AMBER原子类型,用于准备MOL2格式的配体结构。
ProCESS,用于FITTED准备蛋白质文件,分配残基名称、原子类型和蛋白质电荷。
SPORES,自动准备蛋白质和配体的结构识别工具,生成连接、杂交、原子和键类型。
PREPARE,蛋白质准备和优化的工具。
DG-AMMOS,生成小分子三维构象用于计算机辅助筛选,免费。
Key3D,将2D化合物结构转换成3D结构的分子建模工具,附加上原子电荷等信息。
JOElib,化学信息学库,用于文件格式转换,Java编写,适用于多种操作系统。
CDK (ChemistryDevelopment Kit),生物以及化学信息学和计算化学使用的开源库,Java编写。
MolEngine,基于Microsoft .NET的化学信息学工具包,兼容多种平台。
RDKit,收集化学信息学和机器学习软件,用C++ 和 Python编写。
Mol2Mol,分子文件操作及转换程序。
Fconv,分子文件操作及转换程序。
smid,用于将一个或多个SMILES转换为3D的程序。
Scaffold Hunter,基于java的软件工具,用于生成和导航不同数据注释的树层次结构来探索化学空间。
ScaffoldTreeGenerator,基于java的软件工具,独立生成树形分层数据库。
Strip-it,从有机类药分子中提取骨架的程序。
Fragmentizer,分解PDBs中小分子化合物的组成片段的自由和开放源码python脚本。
Epik,列举生理条件下的配体质子化状态和互变异构体的工具。
iBabel,Open Babel的图形界面。
PerlMol,用perl展示分子、原子和键类型的模块。
The SDF Toolkitin Perl 5,提供读取、解析、过滤和添加/删除属性的函数的SDF工具包。