1.lammps和vasp的区别
2.VASP软件中文手册 | 第三章：安装、源码编译和维护 VASP软件
3.Quantum Espresso 之pw.x输入文件解读
4.VASP 5.4.4编译与安装
5.vasp6.3.0 cpu/gpu 安装教程
6.VASP软件中文版手册第二章：VASP简介、下载程序结构概要及教程

lammps和vasp的区别

LAMMPS是分子动力学模拟的软件，vasp是原子尺度材料模拟软件。

       LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发，以GPL license发布，即开放源代码且可以免费获取使用，这意味着使用者可以根据自己的需要自行修改源代码。VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。

       ç¼–程是编定程序的中文简称，就是让计算机代码解决某个问题，对某个计算体系规定一定的运算方式，使计算体系按照该计算方式运行，并最终得到相应结果的过程。

VASP软件中文手册 | 第三章：安装、源码编译和维护 VASP软件

       华算科技朱老师团队的下载Cilver老师和Ravi老师带来的《VASP官方入门手册》第三部分详述了如何安装、编译并维护VASP软件。源码作为备受信赖的下载delphi悬浮窗口源码DFT计算工具，每年有超过1万篇论文基于VASP发表，源码截至年，下载总数已超过万篇，源码其计算能力不仅验证实验结果，下载还能预测新发现。源码

       本教程将分为三个步骤进行讲解：

       1. **获取VASP软件**：由于软件非公共共享，下载需通过官方途径联系Doris 源码Vogtenhuber获取许可。申请时需提供简短的下载研究描述，不超过半页。源码

       2. **安装过程**：安装需一定的UNIX知识，包括理解tar、gzip和make命令。建议在~/VASP/src目录下操作。首先，从官方网站下载源代码（vasp.X.tar.gz）和赝势数据库，然后解压到特定的子目录，如potUSPP_LDA、potUSPP_PW等。接下来，解压缩vasp.*.tar.gz文件，并根据makefile.machine选择合适的配置，注意检查Makefile中的提示进行配置，可能需要调整编译优化。

       3. **编译和维护**：VASP软件存储在vasp.4.lib和vasp.4.x目录中，后者更新频繁。例如，可以使用makeparam工具手动编译。更新软件时，先从服务器获取最新版本的vasp.4.X.X.tar.gz，解压缩后确保替换旧版本，但需注意解压后可能需要按特定步骤重新编译。

       完成安装和配置后，你可以开始进行计算，但务必遵循教程中的详细指导，以确保顺利运行和解决问题。这个教程旨在帮助您快速掌握VASP计算，成为高性能计算的高手！

Quantum Espresso 之pw.x输入文件解读

       Quantum Espresso（QE）是一款基于密度泛函理论、采用平面波方法及赝势理论的第一性原理计算软件。其开源特性与全面的超软赝势库使其在量子化学计算领域优势显著，尤其适合对VASP版权有顾虑的研究人员。本文将聚焦于QE的DFT计算模块pw.x的输入文件解析。

       pw.x的输入文件结构清晰，由一系列“&”和“/”符号分割的控制计算部分组成。各选项间默认有默认值，具体规则在源码包路径下的文档中详细列出。文件中包括了所有模块及命令的列表，点击即可跳转至对应的解释、默认值及设置方法。

       值得注意的是，要成功运行pw.x，还需要下载对应的赝势文件。这些文件可在Quantum Espresso的官方网站上找到，下载网址为：pseudopotentials.quantum-espresso.org...

       对于QE的安装、运行及后处理过程，可参考以下链接了解更多：

       最新版Quantum Espresso的安装与使用

       物理VS化学吸附？RDG，让你的文章与众不同

       祝您科研顺利，探索量子化学的奥秘！

       公众号推荐：计算运维鸟

VASP 5.4.4编译与安装

       本文提供如何在Linux Debian系统上安装和编译VASP 5.4.4的指南，同时介绍如何使用免费的Intel® oneAPI Base Toolkit与Intel® oneAPI HPC Toolkit替代付费的Intel Parallel Studio XE。以下为详细步骤：

       一、安装Intel的编译器与库

       首先，使用免费的Intel® oneAPI Base Toolkit与Intel® oneAPI HPC Toolkit安装所需的依赖库和编译器。推荐使用这两个工具以获取免费且易于更新的软件资源。注意，下载链接和哈希验证需确保文件完整与可执行。执行验证命令后，修改下载文件权限并按照指引完成安装。安装完成后，均线启动源码确认安装目录结构正确，并通过setvars.sh文件加载环境变量至.bashrc中，以实现每次终端启动时环境自动加载。

       二、编译环境配置

       安装完毕后，配置环境变量。首先运行setvars.sh文件以加载环境变量。若未出现此文件，可选择手动添加路径至.bashrc文件中。接下来，编译libfftw3xf_intel.a文件，确保编译路径正确且文件生成。

       三、编译VASP

       开始编译VASP前，确保系统中已安装rsync命令。解压VASP 5.4.4源码包后，根据个人路径修改makefile.include文件。根据官方教程配置MKLROOT路径，检查是否正确，若不正确，手动添加至.bashrc文件。在文件中进行特定的配置修改，如添加编译对象、编译参数、链接库等。编译完成后，VASP可执行文件将被生成。

       四、将VASP添加至系统路径

       将生成的可执行文件添加至系统路径，推荐将文件放入/usr/bin目录下。在该目录下创建vasp文件夹，并将可执行文件复制至其中。同时，将路径添加至.bashrc文件以确保每次终端启动时自动加载。通过特定命令检查MKL与VASP是否成功链接。

       五、测试VASP

       使用提供的测试文件（包括INCAR、KPOINTS、POSCAR、POTCAR）测试VASP，确保系统能够正确执行计算，并生成所需的输出文件。检查OUTCAR文件以验证计算结果。

       六、解决常见问题与注意事项

       在编译过程中，注意Intel编译器与库版本的兼容性，避免使用过时的工具。配置环境变量时，可能会遇到缺少setvars.sh文件的情况，可选择重新安装或手动添加路径。安装rsync命令避免潜在的配置问题。在makefile.include文件中，正确配置INC参数以解决可能的编译错误。

       总结，遵循以上步骤并注意细节，您将能够成功安装、编译并运行VASP 5.4.4。如有疑问，可通过在线搜索获取更多帮助。

vasp6.3.0 cpu/gpu 安装教程

       本文主要介绍了在CPU和GPU上安装VASP 6.3.0的详细步骤，包括使用spack管理和源码包的部署。首先，从百度网盘下载合适的源码包，建议将其放置在公共目录或用户的家目录，然后通过tar命令解压。

       接下来，配置环境变量，确保Python3和必要的工具如git、patch已安装，同时添加基础编译器如gcc和gfortran。运行spack --version检查spack版本并配置编译器。在~/.spack目录下，创建config.yaml和modules.yaml文件，自定义软件安装位置、算命整站源码程序目录规范和加速编译设置，如禁用SSL验证和校验。

       在spack中添加本地源码包仓库，并配置bootstrap库以提高离线可用性。然后，查看spack收录的软件列表，根据机器类型（AMD和Intel）选择合适的依赖包，如MPI、数学库和FFTW等。对于AMD机器，推荐使用GNU库和mpich，而Intel机器则使用Intel SDK和nvhpc（仅GPU）。

       针对不同的Vasp版本（如5.4.4和6.3.0），需要编辑makefile.include文件进行特定配置，如修改编译选项和库路径。最后，创建环境变量脚本（如vasp.sh），以简化后续使用。对于GPU机器，还要注意声明qd库以避免运行时错误。

       此外，文章还提及了beef插件的编译和安装，以及phonopy和VASPkit的安装步骤，但需要注意的是，有些功能可能因版本兼容性问题而未进行详细测试。

VASP软件中文版手册第二章：VASP简介、程序结构概要及教程

       VASP是广受专业人士认可的DFT计算软件，每年发表的论文超过1万篇，至年底，文章总量达到万篇。其计算结果不仅验证实验，还能预测实验结果，为实验路线提供指导。

       本文为华算科技朱老师技术团队的Cilver老师和Ravi老师制作的《VASP官方入门手册》第二篇。该教程将详细介绍VASP软件及其计算方法，帮助读者快速入门VASP计算，掌握顶刊技能。

       VASP简介

       VASP.4.X是一个Fortran 程序，具有动态内存分配和单一可执行文件的特点，适用于各种类型的计算。

       源代码和赝势函数位于以下目录：VASP/src/vasp.4.lib、VASP/src/vasp.4.X、VASP/pot/、VASP/pot_GGA/、VASP/potpaw/、VASP/potpaw_GGA/。VASP.4.lib目录中的源代码很少更改，通常不需要重新安装。vasp.4.X目录包含主要的Fortran 代码。pot/pot_GGA/（以及可能为potpaw/ potpaw_GGA/）目录分别包含（超软）赝势和投影缀加波。LDA版本放在pot和potpaw目录中，而GGA版本（Perdew, Wang ）放在pot_GGA和potpaw_GGA目录中。源文件和赝势可在文件服务器上获取（第3.2节提及）。

       计算通常在工作目录下进行。在开始计算前，需要在目录下创建几个关键文件：INCAR、POTCAR、POSCAR、KPOINTS。

       教程，第一步：金刚石

       将tutor/diamond目录下的所有文件复制到工作目录下，然后按步骤执行。

       INCAR文件是核心输入文件，决定“做什么和怎么做”。它是一个带标签的自由ASCII文件，每行由标签、等号和值组成。大多数参数有默认值。检查提供的INCAR文件长度可能比实际需要的要长。

       POSCAR文件包含离子的位置。以金刚石为例，POSCAR文件包含以下几行：cubic diamond comment line、3.7 universal scaling factor、0.5 0.5 0.0 first Bravais leach算法的源码lattice vector、等。

       KPOINTS文件决定K点设置。4x4x4 Comment、 = automatic generation of k-points、Monkhorst M use Monkhorst Pack等。

       POTCAR文件包含赝势（如果有多个种类的赝势，可使用UNIX命令cat连接POTCAR文件）。POTCAR文件还包含原子的相关信息。

       键入命令运行VASP：> vasp。搜索路径通常在UNIX shell的PATH变量中提供（第3.2节提及）。启动VASP后，将得到类似以下的输出结果。

       VASP使用Pulay混合方法的自洽循环和迭代矩阵对角化方案来计算Kohn-Sham（KS）基态。在计算中，波函数会被迭代改进，电荷密度也会被优化。stdout的副本也会写入OSZICAR文件中。各列的含义如下：N列是电子迭代步骤计数，E是当前的自由能，dE是两步之间自由能的变化，d eps是能带结构能量的变化。ncg栏表示哈密顿算符应用于波函数的频率。rms这一列给出了在所有占据带上求和的残差向量的初始范数(R = (H−εS)|φi)，并表示波函数的收敛程度。最后一栏rms(c)表示输入和输出电荷密度之间的差值。在前五步中，密度和势能没有更新，对波函数进行预收敛（因此rms(c)没有显示）。前五次迭代后，开始更新电荷密度。

       OUTCAR文件中包含有关力和应力张量的更多信息。WAVECAR文件存储着最终的波函数。

       要计算平衡晶格常数，请尝试输入./run。确定平衡体积（例如，使用能量的二次拟合），平衡晶格常数应接近3.。在POS

常用的计算软件大集合

        VASP

       官方网址：vasp.at

       VASP全称Vienna Ab-initio Simulation Package，是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。广泛应用于材料模拟和物质科学研究，处理原子、分子、团簇、纳米线、薄膜、晶体、准晶、无定形材料、表面体系、以太体系和固体，能计算结构参数、构型、状态方程、力学性质、电子结构、光学、磁学和晶格动力学性质等。

        Gaussian

       官方网址：gaussian.com

       Gaussian软件是计算化学领域内最流行、应用范围最广的综合性量子化学计算程序包，适用于Windows、Mac OS X、Unix/Linux系统。通过基本命令验证和预测体系的几乎所有性质，具有极高的实用性。GaussView可视化软件的发布及计算机性能的提升大大降低了理论计算的门槛，使各领域研究者轻松研究和分析科学问题。

        LAMMPS

       官方网址：lammps.sandia.gov/

       LAMMPS全称为Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，适用于单CPU和多CPU运行环境。它使用消息响应和模拟域的空间分解并行机制，具有功能易于扩充的特性，适用于软物质、固态材料、粗粒子和介观材料的lxr源码分析工具模拟，以及不同热、力学、化学条件下的性质变化。

        CP2K

       官方网址：cp2k.org

       CP2K是一款著名的从头算分子动力学软件，基于密度泛函理论，使用混合的高斯平面波近似以及多粒子势，能计算更大的体系。适用于周期边界条件，具有多种交换关联泛函和色散校正功能，可以计算激发态，包含多种分子动力学方法。

        QUANTUMESPRESSO

       官方网址：quantum-espresso.org/

       QUANTUMESPRESSO软件包基于密度泛函理论，使用平面波基组和赝势。软件支持基态计算、能量最小化、各种展宽技术、模守恒赝势、PAW交换关联泛函、声子频率计算、电-声相互作用、从头分子动力学等，功能强大。

        Wien2k

       官方网址：wien2k.at/index.html

       WIEN2K软件包是用于计算周期性体系电子结构的最精确的程序之一，基于密度泛函理论和全势方法，提供高精度的电子结构计算。

        Abinit

       官方网址：abinit.org

       ABINIT是一个采用GNU开放源代码发布的软件，使用赝势和平面波，基于密度泛函理论计算总能量、电荷密度、电子结构，并支持几何优化和分子动力学模拟。软件包括大量的工具程序，适用于固体物理、材料科学、化学和材料工程研究。

        CASTEP

       官方网址：castep.org/

       CASTEP是一个基于密度泛函方法的从头算量子力学程序，计算总能量、力、张量，并支持NVE/NVT/Langevin分子动力学、过渡态搜索、弹性系数计算等。软件智能选择关键参数，提供广泛的计算功能。

vasp.5.4.4.pl2+wannier.2.1.0编译

       初学者对vasp.5.4.4.pl2+wannier.2.1.0的编译过程可能会感到有些复杂，但实际操作起来并不困难。下面是一个详细的指导过程，旨在帮助初学者顺利完成编译。

       准备阶段：

       1. 确保您已经下载并安装了vasp.5.4.4.pl2和wannier.2.1.0软件。同时，安装intel oneAPI编译器也是必要的。

       操作步骤：

       2. 打开终端，切换到vasp源码所在的目录。确保目录结构正确，vasp和wannier的源码都在各自的目录下。

       3. 下载肖承诚博士提供的接口文件VASP2WAN_v2_fix和mlwf.patch。下载链接如下：github.com/Chengcheng-X... 或者使用wwm.lanzouq.com/iOWNw...。将mlwf.patch文件拷贝到vasp.5.4.4.pl2的根目录。

       4. 更新并编译vasp源码。确保所有依赖包已经正确安装，然后运行“make”命令。这将编译并生成可执行文件。

       5. 执行编译好的vasp程序。在编译完成后，通过运行make all命令，可确保所有相关的程序和库都已成功构建。

       注意：此教程适用于vasp.5.4.4.pl2+wannier.2.1.0的编译。如需使用vasp.6.3.x + wannier-3.1.0版本，可参考相关文档或链接进行操作。

       在完成上述步骤后，您将成功编译并运行vasp程序。如有任何问题或错误提示，请及时调整和修正，确保编译过程顺利进行。

VaspCZ软件详细介绍

       一、VaspCZ软件简介

       VaspCZ(VaspCheckbyZzd)是中科院上海应物所的张正德博士在读博期间为提高科研效率而开发的Vasp辅助程序。该程序包含软件部分和API部分。

       /zhangzhengde/VaspCZ(VaspCZ)

       软件部分提供了Linux字符串用户界面，用于在超算平台中快捷提交任务和检查结果。包含三个模块：结构优化和静态计算(OS)模块、过渡态计算(NEB)模块和测试(Test)模块。

       API部分为软件部分的底层，是自己写的一个python库。为有python基础的研究者提供了调用相关功能的接口，可以实现自定义计算和编写上层应用。库名：VaspCZ.zzdlib，包含三个模块：shell模块、File模块和Vasp模块。API说明文档。

       /zhangzhengde/VaspCZ/blob/master/docs/VaspCZ_python_API.md(API说明文档)

       求githubstar中，如果你觉得本项目不错，烦请点击项目右上角Star，感谢！~反馈调试中，如使用中遇到问题，敬请上报到drivener@.com，再次感谢！~二、VaspCZ软件安装1.安装和卸载

       代码下载：

       gitclone/zhangzhengde/VaspCZ.git

       或者访问githubVaspCZ网址下载，下载后解压：

       unzipVaspCZ.zip

       进入安装程序目录：

       cdVaspCZ

       默认VaspCZ安装配置为：

       程序安装路径说明VaspCZ软件用户根目录/binlinux主程序vtst用户根目录/binVTST过渡态工具VaspCZ.zzdlib相应python3的site-packages目录pythonAPI接口Vasp.sh用户根目录超算平台PBS系统提交任务的脚本，需要自行准备拷贝到该路径下并命名为Vasp.shPseudoPotential用户根目录生成POTCAR所需的赝势文件的文件夹，需要自行准备并拷贝到该路径下，命名方式为~/PseudoPotential/[赝势名]vcz用户根目录/bin/VaspCZVaspCZ主程序快捷键

       如需修改安装配置，请修改install.py第6-行对应设置再进行安装。

       安装：

       python3install.py

       输入快捷键运行程序：

       vcz

       程序界面如图：

       出现程序界面，说明安装成功。

       如更新版本，安装前请先卸载：

       python3uninstall.py

       2.错误提示

       (1)权限不足

       如果安装时提示：

       PermissionError:[Errno]Permissiondenied:'VaspCZ'

       请使用管理员账号用以下命令安装。

       sudopython3install.py

       如无管理员账号，请给当前用户安装独立的python后再安装VaspCZ

       源码安装用户独立python3教程

       (2)缺少python库

       VaspCZ运行需要的库有：

       numpy

       如果提示：

       ModuleNotFoundError:Nomodulenamed'numpy'

       使用pip3安装相应库即可：

       pip3installnumpy

       三、VaspCZ软件使用和示例

       本章主要描述软件部分的使用方法和示例，PythonAPI接口部分仅描述功能，接口详细信息参见API说明文档。

       1.VaspCZ软件部分(主程序)

       软件部分提供了Linux字符串用户界面，用于在超算平台中快捷提交任务和检查结果。包含三个模块：结构优化和静态计算(OS)模块、过渡态计算(NEB)模块和截断能K点测试(Test)模块。

       成功安装后输入快捷键即可进入用户界面：

       vcz输入模块对应的选项即可进入相应模块。

       (1)OptandSta模块

       该模块提供了用于快捷进行结构优化(Optimization)计算和静态(Static)计算的功能。

       用户界面：

       包含功能：

       功能标签功能名称1.1产生Vasp输入文件(示例)1.2修改INCAR为静态计算INCAR1.3产生赝势文件POTCAR1.4产生网格文件KPOINTS1.5产生提交任务脚本Vasp.sh1.6仅保留Vasp输入文件1.7前检查并提交任务1.8后检查并打印计算结果OS模块功能示例：

       进入到项目自带的examples：(请将"/home/zhangzd/bin"替换你的VaspCZ安装路径)

       cd/home/zhangzd/bin/VaspCZ/examples/

       OS模块下1.1-1.7功能示例：进入1.1-1.7

       cd1.1-1.7

       该文件夹为空文件夹。输入：

       vcz

       1

       而后输入1-7数字可以执行相应功能

       1.1产生Vasp输入文件(示例)

       会在该目录下产生Vasp的5个输入文件的示例：INCAR、POSCAR、POTCAR、KPOINTS和Vasp.sh

       注意：生成Vasp.sh文件需要配置：Vasp.sh为PBS系统提交任务的脚本，因不同平台的脚本内容会有所不同，请将适合该平台的脚本正确拷贝到安装目录下，默认为：用户根目录，目录结构如下所示：

       用户根目录(或配置的Vasp.sh路径)

       |

       |Vasp.sh

       |...(files)

       1.2修改INCAR为静态计算的INCAR

       在当前路径的结构优化INCAR上修改为静态计算的INCAR。

       修改项目：

       SYSTEM=Static

       IBRION=-1

       NSW=1

       #EDIFFG=-0.

       1.3产生POTCAR

       输入元素列表和赝势类型产生POTCAR。

       默认产生适配当前目录下的POSCAR内的元素的POTCAR，默认赝势类型为PBE。

       注意：将从安装VaspCZ时配置的赝势路径下读取数据，默认为用户根目录。使用该功能请将赝势文件夹命名为PseudoPotential并按如下目录安装。

       用户根目录(或配置赝势安装路径)

       |

       ---PseudoPotential

       |

       ---PBE

       ||

       |---H

       |---He

       |---...(dirs)

       |

       ---PW

       ---LDA

       ---US_LDA_GGA

       ---...(dirs)

       1.4产生KPOINTS

       输入网格和方法产生KPOINTS文件。

       默认网格为：。

       默认方法为：Monkhorst。与Vasp官网一致，方法可只输入开头的字母如：M，可选方法有：M(Monkhorst)，A(Auto)

       1.5产生Vasp.sh

       输入任务所需节点数、核数和任务名产生提交任务脚本Vasp.sh。

       默认：节点数：1核数：任务名：jobname

       注意：将从VaspCZ安装时候配置的Vasp.sh路径下读取数据，默认为用户根目录。使用该功能前请正确安装Vasp.sh。

       1.6保留Vasp输入文件

       删除其他所有文件和文件夹，仅保留Vasp的5个输入文件(INCAR、POSCAR、POTCAR、KPOINTS和Vasp.sh)，用于计算出现问题，重新算。

       选择该功能后可输入文件名添加需要额外保留的文件。

       1.7前检查并提交任务

       准备好输入文件后，进行前检查，检查INCAR、POSCAR和POTCAR是否匹配，检查通过后将打印检查信息，并提示是否提交任务。

       OS模块下1.8功能示例：退出1.1-1.7并进入1.8

       cd..

       cd1.8

       该文件夹为计算好的Fe-Te体系不同情形下的结构优化结果。

       输入运行1.8功能：

       vcz

       1

       8

       1.8检查结果

       检查当前目录及所有子目录下的结构优化和静态计算的结果，如OUTCAR或者log中有错误(ERROR)或警告(WARNING)或提示所在位置。

       输出如图所示：

       检查所有路径计算是否完成，输出当前路径、完成状态、离子步数和电子步数。

       检查完后，输出当前路径、能量、离子步数、磁矩、POSCAR和CONTCAR原子之间的距离、原子最大受力。

       (2)NEB模块

       该模块提供了便捷的NEB方法计算过渡态的功能。

       用户界面：

       包含功能：

       功能标签功能名称2.1一键结构优化到静态计算2.2一键静态计算到过渡态计算2.3过渡态振动分析2.4仅保留结构优化输入文件2.5仅保留过渡态输入数据2.6检查过渡态受力情况2.7检查过渡态各态原子距离2.8检查过渡态计算结果2.9检查过渡态振动分析结果

       过渡态计算的一般过程：先做结构优化，而后静态计算，最后过渡态计算，如需再振动分析。目录结果如下：

       NEB计算目录

       |...(files)

       ---ini

       ||...(files)

       |---Opt

       ||...(files)

       ---fin

       |...(files)

       ---Opt

       |...(files)

       在准备进行过渡态计算的目录下，创建文件夹ini和fin分别代表初态和末态，在它们之下再分别创建Opt文件夹。

       计算步骤如下：

       1、ini/Opt/下进行初态的结构优化。

       2、fin/Opt/下进行末态的结构优化。

       3、ini/下在结构优化完成后进行静态计算以获得更准确的能量。

       4、fin/下在结构优化完成后末态静态计算。

       5、当前路径下在两个静态计算完成后进行过渡态计算。

       6、如需，过渡态完成后当前路径下进行振动分析。

       NEB模块功能示例：

       进入到VaspCZ安装目录examples文件夹下：

       cd/home/zhangzd/bin/VaspCZ/examples

       2.1一键结构优化到静态计算

       如前过渡态的一般过程所示，结构优化完成后，自动进行初末态的静态计算。

       进入2.1：

       cd2.1

       该文件夹下包含一般性的过渡态计算结构，且ini/Opt和fin/Opt下计算已完成。(可用OS模块的1.8功能检查结果)

       调用vcz，选择功能2.1：

       vcz

       2

       1

       此时：选择1为当前文件夹下的静态计算到结构优化，选择2为一键提交ini/和fin/文件下下的静态计算。

       输入节点数、核数和文件名提交任务。默认为：

       参数默认值节点数ini/Opt/Vasp.sh中读取核数ini/Opt/Vasp.sh中读取任务名ini/Opt/Vasp.sh中的最后一位改为S2.2一键静态计算到过渡态计算

       如前过渡态的一般过程所示，静态计算完成后，自动进行过渡态计算。

       进入2.2文件夹:

       cd2.2

       该文件夹下包含一般性的过渡态计算结构，且ini/Opt、fin/Opt、ini/和fin/下计算已完成。(可用OS模块的1.8功能检查结果)

       输入vcz调用程序选择功能2.2即可实现自动提交过渡态计算任务。

       输入节点数、核数和文件名提交任务。

       默认参数为：

       参数默认值节点数~初末态结构原子距离和/0.8，取奇数核数ini/Opt/Vasp.sh中读取任务名ini/Opt/Vasp.sh中的最后一位改为N2.3过渡态振动分析

       过渡态完成后，计算迁移原子在初态、过渡态和末态中三个自由度上的尝试频率。

       使用初态和过渡态的尝试频率可以计算该迁移过程的有效率。

       计算方法为：该原子在初态时三个自由度上的尝试频率之积比该原子过渡态时的两个自由度上(共三个自由度，其中一个是虚频)的频率之积。

       进入2.3文件夹：

       cd2.3

       该文件夹下包含已经计算好的过渡态文件。(可用NEB模块的2.8功能检查结果)

       调用vcz，并选择功能2.3

       输入任务节点数、核数和是否包含末态振动提交任务。

       默认参数为：

       参数默认值节点数1核数8是否包含末态False

       提交任务后会创建vibysis文件夹，内再创建inistate,sadstate和finstate，计算不同结构中迁移原子的振动频率(尝试频率)。

       2.4仅保留结构优化输入文件

       删除当前目录下的所有文件和文件夹，仅保留ini/Opt/下和fin/Opt下的5个输入文件(INCAR,POSCAR,POTCAR,KPOINTS和Vasp.sh)。

       该功能用于过渡态计算错误时回滚到结构优化重新计算。

       2.5仅保留过渡态输入数据

       删除当前目录下的文件和文件夹，仅保留ini/和fin/文件夹下所有内容。

       该功能英语过渡态计算错误时回滚到过渡态重新计算。删除后调用NEB模块的2.2功能即可重新提交NEB任务。

       2.6检查过渡态受力情况

       NEB计算完成或正在计算中，检查每一离子步，每个IMAGE下的受力状况。

       例如：进入examples/2.6-2.9文件夹，调用vcz2.6功能：

       cd2.6-2.9

       vcz

       2

       6

       输出如图所示：

       第一列为离子步，第二到四列为插入态IMAGE、IMAGE和IMAGE在对应离子步下该结构中原子所受的最大力，第五列为前面的二到四列之和。如数据所示，第8步时所有插入态原子最大受力小于0.eV/?，达到INCAR中的收敛要求。

       该功能用于检查过渡态计算不收敛时较为合理的结构。例：假如INCAR中设置NSW=，计算达步未收敛，通常第步并非合理的结构。借助此功能可找到最大受力和最小的步数，将该步的结构取出进行进一步分析和计算。

       2.7检查过渡态各态原子距离

       NEB计算完成或NEB计算生成插入态后，检查每个态之间原子的距离和。

       例如：进入examples/2.6-2.9文件夹，调用vcz2.7功能：

       cd2.6-2.9

       vcz

       2

       7

       选择需要检查的结构，默认为POS，代表POSCAR，可选为CONT，代表CONTCAR。

       输出如图所示：

       第一列是POSCAR或CONTCAR，第二列是IMAGE，第三列是原子距离和。其值来自于vtst工具，如第一行的值为：

       dist.pl/POSCAR/POSCAR

       计算前检查POSCAR，用于确保插入过渡态准备，线性插入时各态距离和应相等。

       计算后检查CONTCAR，用于查看过渡态中是否有某个态弛豫到不可预测的结构导致过渡态不收敛。

       2.8检查过渡态计算结果

       NEB计算完成后或计算中，检查当前目录及所有子目录下的NEB计算结果(忽略静态计算和结构优化)，如OUTCAR或者log中有错误(ERROR)或警告(WARNING)或提示所在位置，检查完成后输出结果。

       例如：进入examples/2.6-2.9文件夹，调用vcz2.8功能：

       cd2.6-2.9

       vcz

       2

       8

       输出如图所示：

       每一个有NEB计算的路径都会输出计算结果。第一列为不同的IMAGE，第二列为原子最大受力，第三列为该IMAGE总能，第四列为以IMAGE作为参考原点是的能量差，最大能量差即为势垒，对应的IMAGE为鞍点。

       如数据所示，该扩散过程(fccFe的自扩散)的扩散势垒为1.eV.

       2.9检查过渡态振动分析结果

       NEB振动分析结束后，检查当前目录及所有子目录下的原子振动频率(尝试频率)结果并计算有效频率。

       例如：进入examples/2.6-2.9文件夹，调用vcz2.9功能：

       cd2.6-2.9

       vcz

       2

       9

       输出如图所示：

       如数据所示，[True,True,False]说明该子目录下包含初态和鞍点态振动分析，不包含末态。

       第一个1f2f3f为迁移原子在初态结构中三个方向的振动，振动频率分别为6.,6.和4.THz。第二个1f2f3f为迁移原子在鞍点态结构中三个方向的振动，振动频率分别为6.,4.和5.THz，其中f/i表示第三个方向上为虚频。

       该扩散过程原子的有效频率为：初态三个振动之积比鞍点态两个振动之积(排除虚频)，结果为:6.THz。

       本例是fccFe的自扩散，扩散前后结构等价，初态和末态相同，因此无需算末态振动。

       通常体系中对称性不高，如有2个以上缺陷时，初态和末态是不等价的，此时反向方扩散的势垒就是以末态能量为原点时鞍点的能量，对应的有效频率为末态三个振动之积比鞍点态两个振动之积(排除虚频)。(在NEB模块2.3功能中输入参数包含末态时，2.9功能会自动计算反方向扩散的有效频率。)

       (3)Test模块

       通常，一个体系在大规模进行计算和分析之前，需要进行截断能测试和K点测试确定合适的ENCUT设置和KPOINS设置。

       该模块提供了快捷的Vasp截断能测试和K点测试功能。

       用户界面：

       包含功能：

       功能标签功能名称3.1截断能测试3.2K点测试Test模块功能示例：

       进入到VaspCZ安装目录examples文件夹下：

       cd/home/zhangzd/bin/VaspCZ/examples

       3.1截断能测试

       做截断能测试的目的是选取一个合适的截断能，截断能决定了Vasp计算过程中被作为赝势处理的电子波函数的范围。截断能太小，计算得到的体系总能不可信，截断能太大，计算中迭代需要花费大量资源。

       准备好输入文件(INCAR，POSCAR，POTCAR，KPOINTS和Vasp.sh)后，输入参数即可快捷提交截断能测试任务。

       例如：进入examples/3.1文件夹，调用vcz3.1功能：

       cd3.1

       vcz

       3

       1

       输入参数有：任务名前缀、节点数、核数和截断能列表。

       默认参数为：

       参数默认值任务名前缀ENCUT_节点数1核数8截断能列表,,,,,,,,,,

       注意：截断能列表以英文逗号隔开。

       提交任务后会以截断能为名创建文件夹，在每个文件夹内修改INCAR文件中的ENCUT为对应值，而后提交结构优化任务，任务名为任务名前缀截断能。

       计算完成后，可以使用OS模块的1.8功能检查各截断能时体系的总能，体系总能之差小于0.eV时，该截断能可选为合适的截断能。

       3.2K点测试

       做K点测试的目的是选取一个KPOINS设置，K点决定了Vasp计算过程中倒空间的网格分隔点数，体系越大，合适的K点网格一般越小。

       准备好输入文件(INCAR，POSCAR，POTCAR，KPOINTS和Vasp.sh)后，输入参数即可快捷提交K点测试任务。

       例如：进入examples/3.2文件夹，调用vcz3.2功能：

       cd3.2

       vcz

       3

       2

       输入参数有：任务名前缀、节点数、核数和K点列表。

       默认参数为：

       参数默认值任务名前缀ktest_节点数1核数8K点列表,,,,

       注意：K点列表以英文逗号隔开。

       提交任务后会以K点为名创建文件夹，在每个文件夹内KPOINTS文件中的网格为K点，而后提交结构优化任务，任务名为任务名前缀K点。

       计算完成后，可以使用OS模块的1.8功能检查各K点时体系的总能。

       2.VaspCZpythonAPI

       pythonAPI部分为有python基础的研究者提供了本项目同通用功能的接口。通过库便捷调用相关功能，以实现自定义高通量计算。库名：VaspCZ.zzdlib，包含：shell模块，File模块和Vasp模块

       安装和导入

       安装软件时自动安装库，安装说明见本说明第三章。

       导入：进入python3交互界面或在.py文件中导入库：

       importVaspCZ.zzdlibaszzd

       此处只列出各模块功能，详细接口说明见API文档

       (1)shell模块标签代码功能1.1VaspCZ.zzdlib.getshellResult(code)返回shell命令控制台输出的结果，由每一行组成一个元素的列表。(2)File模块标签代码功能2.1VaspCZ.zzdlib.File.openFile(path,[mode='r',data=None])读取文件或保存文件2.2VaspCZ.zzdlib.File.substitudeData(data,keywords,newline,[mode='default'])传入文件数据，给出关键词和新行，默认情形搜索出现第一次出现关键词的行并替换，mode不等于default是替换全部出现关键字的行，返回替换后的数据。2.3VaspCZ.zzdlib.File.getLine(data,keywords)给出关键词，招傲有关键词的第一行并返回，返回为字符串和所在的行索引。该功能用于获取特定想信息或者用于判断。2.4VaspCZ.zzdlib.getAllline(data,keywords)给出关键词，返回所有带有关键词的所有行，返回为列表。该功能用于选择性获得文件特定行。2.5VaspCZ.zzdlib.getline(data)获取文件数据中是空位的索引。2.6VaspCZ.zzdlib.Vaspsh_path获取VaspCZ软件默认的PBS提交任务脚本Vasp.sh所在的文件路径。(3)Vasp模块标签代码功能3.1VaspCZ.zzdlib.Vasp.decode_POSCAR(POSCAR)解码POSCAR，返回一个基矢、原子种类、原子数目、每个原子的位置（取前4位）3.2VaspCZ.zzdlib.Vasp.modifyPOSCARele(oldele,new_ele)修改当前路径下POSCAR的原子种类，适合批量修改。3.3VaspCZ.zzdlib.Vasp.gennerate_POTCAR([elements=None,pseudotype='PBE'])在当前路径生成POTCAR文件，需要在安装中正确是指赝势文件目录，默认赝势文件目录为用户根目录。赝势目录名为：PseudoPotential。3.4modifyPOSCARSelective_Dynamics(data,indexes)根据输入的数据和索引修改POSCAR，添加SelectiveDynamics,索引所在的位置设置为TTT,其他位置设置为FFF3.5modifyINCARforvibrationysis修改当前目录的INCAR为振动分析的INCAR并保存.3.6VaspCZ.zzdlib.Vasp.checkInputsVasp前检查。提交计算任务前，检查当前目录Vasp的各项输入文件，将计算信息打印到控制台，包含：计算路径、SYSTEM、截断能、ISIF、离子更新方法、是否有磁性、电子收敛标准、离子收敛标准、原子种类个数、POTCAR原子类型、KPOINTS方法、网格大小、任务名、节点数与核数、是否加急。3.7VaspCZ.zzdlib.Vasp.checkandqsub([need_input=True])检查前检查并提交任务。内部集成了上一个检查输入文件函数，使用中推荐该函数。3.8VaspCZ.zzdlib.Vasp.keepInputs([addfile=[],workdir='./'])删除工作目录下的文件，仅保留输入文件。默认保留文件为：INCAR，POSCAR，POTCAR，KPOINTS和Vasp.sh3.9VaspCZ.zzdlib.Vasp.checkNEBperiod遍历当前路径下的所有文件夹，如果发现有neb计算，判断ini和fin分别的计算周期，并返回四、其它说明

       该项目已免费开源，开源许可。

       欢迎开发和补充，如用于商业用途请注明出处。

       如遇bug，敬请将说明、提示代码、截图等信息上报到drivener@.com。

       如对程序有疑问，请联系drivener@.com。

       作者水平有限，代码有诸多不足之处，还望斧正。

       当前版本:1.0.1