1.xemu(原始Xbox模拟器)v0.6.2.75官方版
2.初代Xbox和Windows NT 3.5源代码泄露，源码已有多少游戏支持模拟？
3.VB6 (Visual Basic 6)的源码替代开发语言FreeBasic介绍
4.Game and Watch 破解刷机教程
5.疑似 Windows XP SP1 源代码泄露，真的源码是微软的吗？
6.一文详解基因组denovo组装原理和实战

xemu(原始Xbox模拟器)v0.6.2.75官方版

       xemu原始Xbox模拟器是一个开源的、跨平台的源码应用程序，模拟原始Xbox游戏机的源码硬件，允许用户在Windows、源码红包源码下载macOS和Linux系统上玩他们的源码Xbox游戏。

       xemu(原始Xbox模拟器)是源码一个开源的、跨平台的源码应用程序，模拟原始Xbox游戏机的源码硬件，允许用户在Windows、源码macOS和Linux系统上玩他们的源码Xbox游戏。

       软件特色

       开放源代码

       xemu的源码源代码是公开的。我们邀请用户帮助改进这个项目。源码

       跨平台

       xemu可以在Windows、源码macOS和Linux平台上运行。预编译的二进制文件可用于Windows、macOS和Ubuntu。

       系统链接

       网络支持开箱即用。在本地或通过互联网连接到其他xemu的实例，甚至是真正的Xbox。

       游戏手柄支持

       基于SDL2，xemu支持几乎所有的游戏手柄。在任何时候都可以连接多达4个控制器，就像一个真正的Xbox。

       快照（保存状态）

       无需等待检查点。xemu支持保存当前状态并随时加载。

       即将推出：

       表面缩放

       通过提高游戏渲染的分辨率，为你的老游戏注入新的活力。

初代Xbox和Windows NT 3.5源代码泄露，已有多少游戏支持模拟？

微软初代Xbox和Windows NT 3.5源代码泄露事件

       近期，一款里程碑式的游戏机——Xbox初代的游戏机操作系统源代码以及Windows NT 3.5接近最终版本的代码不幸在网上被公开。Xbox OS，作为Windows 的定制版本，其内核基础已确认为真，早些时候就已出现在网络上。

       微软官方对此表示关注，一位发言人告诉The Verge：“我们已注意到相关报道，并正在对此事展开调查。”泄露的内容涵盖了开发环境、Xbox开发套件、测试模拟器和内部文档，尽管这些内部资料在爱好者群体中并非新鲜事。

       尽管市面上已有CXBX、XQEMU和CXBX Reloaded等Xbox模拟器，但对初代Xbox的操作系统和内核模拟尚不完善，微软当初为x硬件定制的内核支持DirectX 8，模拟支持的游戏仅约款，而实际游戏数量则远超此数。

       同时，Windows NT 3.5源代码的泄露同样吸引了注意，尽管这款操作系统在年已停止支持，全球使用率较低。泄露的源代码包含构建工具，可能引发对旧版操作系统的spring boot 源码编译研究热潮。不过，由于其已过时，安全威胁相对有限。

       值得注意的是，源代码泄露并非新鲜事，早在年，Windows 和NT 4的部分源代码就已公开，而年，Windows 的部分源代码也被披露。这次的泄漏事件再次提醒我们，软件安全问题始终需要密切关注和应对。

VB6 (Visual Basic 6)的替代开发语言FreeBasic介绍

       FreeBASIC是一款免费开源的BASIC编译器，支持Windows、DOS和Linux平台。它在“QB”模式下与QuickBASIC兼容，可编译和运行为QuickBASIC编写程序的大部分代码，但默认模式下的程序可能需要修改。FreeBASIC是自托管编译器，具备生成控制台、图形/GUI可执行文件、动态和静态库的能力，并全面支持C库，部分C++库也可使用。其语法简洁，与C语言兼容，支持多种数据类型、语言结构和编程风格。

       FreeBASIC支持多平台操作，可在/位Windows、Linux和DOS上运行，同时为Xbox控制台开发应用程序。它具有良好的跨平台兼容性，运行时库旨在提高可移植性，使用的工具与GNU binutils兼容，编译器本身也是用FreeBASIC编写，不依赖非便携式工具，易于引导。

       FreeBASIC支持Unicode，能够解析UTF-8、UTF-LE、UTF-BE、UTF-LE和UTF-BE格式的源文件或头文件，且支持与ASCII文件混合使用，文本编辑器只需支持上述某些Unicode格式即可。它提供了大量的内置数据类型，包括整数、浮点数、字符串（固定、可变长度、以空值结尾、Unicode宽字符）、用户自定义类型（UDT）等，同时支持数组、指针、防伪溯源码traceable枚举、位字段等。

       FreeBASIC具备丰富的功能，如默认过程参数值、内联汇编语法、传统预处理器支持、调试支持、创建OBJ、LIB、DLL和控制台或GUI EXE等。它能够生成与主流编译器相媲美的优化代码，并且不依赖任何废弃或受版权保护的软件，使用GNU binutils编程工具。

       FreeBASIC提供了一个集成开发环境（IDE），如visual free basic，它简化了编程流程，用户可以专注于应用层面的开发。visual free basic 5是基于FreeBasic语言的IDE工具，支持可视化编辑窗口、控件生成代码、中文函数和变量名称、代码提示、自动补全、资源文件管理等功能，适用于从新手到高级开发者。

       FreeBASIC的文档和资源可以在官方网站、论坛和相关网站找到，包括手册、源代码、中文版手册、社区支持等。社区活跃，提供了丰富的学习资料和交流平台，适合各个水平的开发者。

Game and Watch 破解刷机教程

       本教程适用于任天堂新版Game&Watch Mario/Zelda版本。进行刷机操作有风险，若机器在刷机过程中发生硬件损坏或机器无法正常使用，我们概不负责。

       更新日期：//

       根据评论区用户@alexzhong 的建议，在下载编译固件所需的gcc工具链时，请确保下载x版本的工具链，而非arm版本。否则，可能会在编译过程中遇到错误。

       准备工具：

       - 十字螺丝刀一把

       - Y字螺丝刀一把

       - stlink（推荐淘宝盗版stlink v2，价格在元以内）

       - Game&Watch Zelda/Mario 版本 MXUFM2I-G（用于扩展内存大小，可选）

       - 一台装有Ubuntu的电脑（或使用具有USB直通功能的虚拟机如VMware）

       认识Game&Watch硬件：

       - Game&Watch主控为stmh7b0vbt6，配备Mhz Cortex-M7内核与kb内部flash存储。

       - 外部Flash采用mxu系列的1.8v spi nor flash，Zelda版本为4MB大小，Mario版本为1MB大小，通过OctoSpi接口连接主控。

       - 电池与喇叭与Switch Joycon同款，以降低成本。秒赞7.9源码

       - 主板供电为1.8v，debug接口的VDD也是1.8v，请勿接至3.3v供电，以防硬件烧毁。

       硬件接口定义：

       - Zelda版本：连接SWCLK, GND, SWDIO三根线。

       - Mario版本：同样连接SWCLK, GND, SWDIO三根线，但需注意不要连接VDD。

       更多硬件信息参考：github.com/ghidraninja/...

       破解加密和备份原机固件：

       - Game&Watch固件经过加密，尽管硬件开放性高，但固件本身仍需破解。

       硬件准备：

       - 断开电池连接，将SWDIO, SWCLK, GND线连接至stlink对应端口。

       - 将stlink连接到Ubuntu系统（或VMware）。

       - 使用Game&Watch的typec电源。

       系统软件准备：

       - 自行编译安装OpenOCD，由于版本和自带库问题，可能无法使用apt自动安装。

       - 确保git submodule更新完整，可能需要反复尝试。

       - 下载并解压arm gnu toolchain。

       备份和破解流程：

       - 下载脚本仓库。

       - 配置脚本环境。

       - 运行脚本备份外部flash。

       - 确保flash备份后，开始向flash中写入内容。

       - 备份内部flash，确保机器处于蓝屏模式，完成所有文件备份。

       - 机器在完成脚本4解锁和脚本5恢复后，变为解密状态，可刷入其他固件。

       错误代码分析：

       - 运行中可能出现各种问题，查看logs目录下的n_openocd.log以获取详细错误信息。

       - 确保脚本有读取usb设备的权限，运行sudo命令以获得权限。

       - 连接器与设备不兼容时，可尝试更新stlink v2的固件。

       编译并刷入retro_go固件：

       - Game&Watch无扩展存储，所有游戏rom均在固件内。

       - 支持运行的游戏平台包括：GBC、GB、GBA、NES、SNES、N、MD、SMS、SCS-1、SFC、PCE、GG、PS、PSX、SCE、java 塔防 源码PS2、PS3、PS4、Xbox、Xbox、XboxOne、Wii、WiiU、DS、3DS、PSVita、NDS、3DS、WiiU、Switch等。

       - 准备游戏rom，确保容量不超过flash大小。

       - 编译前，确保所有破解流程要求的软件已安装完毕。

       - 下载固件源码，配置运行环境。

       - 将游戏rom放入rom目录，编译固件。

       - 编译完成后，自行刷机。

疑似 Windows XP SP1 源代码泄露，真的是微软的吗？

深空电脑网9月日报告指出，疑似Windows XP SP1源代码在海外论坛4chan上曝光，GB的文件已广泛传播，微软尚未对此事表态。

       这份声称来自微软的源代码引起了独立安全专家的深入研究，他们对其真实性表示认可，并相信它将经受住严格的审查。泄露内容涵盖了多个版本，包括MS DOS 3.、6.0，以及Windows 至Windows Embedded 7，甚至包括Windows NT 3.5至NT 4和原始Xbox的源码。

       值得注意的是，泄露者声称Windows XP源代码实际上在黑客间私下流传多年，但此次首次公之于众。Windows XP，这款年月日发布的操作系统，以“体验”为名，直至年4月8日微软停止技术支持，但仍偶尔因重大安全事件发布补丁。

       尽管如此，根据NetMarketShare的数据，Windows XP依然在全球网络PC中占据了约1.%的比例，表明其影响力持续不减。微软对于此次源代码泄露事件的官方立场和后续行动值得关注。

一文详解基因组denovo组装原理和实战

       面向未来生物医疗数据挖掘应用场景下，如何实现数据计算或挖掘的可扩展性、可重用性、可视性、伸缩性、高保真性。

       关于更多生物医疗大数据分析工具和软件的介绍和使用请看六点了官网[1]。

       1、基因组组装

       2、基于De-Bruijn Graph的组装算法

       3、SOAPdenovo的安装和使用说明：安装、说明、配置、运行

       4、SOAPdenovo案例实战：数据下载、配置、运行、输出

       大家好，这是我们六点了给大家介绍生物信息大数据分析基因组数据分析系列文章第一篇。我们会持续为大家分享关于生物医疗大数据处理相关的知识和案例，希望帮助大家更好地进行自己项目中生物医疗健康大数据处理工作。本篇文章主要四部分来为大家介绍基因组的denovo的知识和以及详细应用案例。①基因组组装、 ②基于De-Bruijn Graph的组装算法、 ③SOAPdenovo的安装和使用说明：安装、说明、配置、运行，以及 ④SOAPdenovo案例实战：数据下载、配置、运行、输出。

       基因组组装 (Genome assembly)是生物信息学领域的核心问题，想要深入研究一个生物体，获得参考基因组是第一步也是必须的一步。基因组组装是将原始的下机序列还原成DNA序列片段、以至于整个物种全基因组序列的过程。

       基因组组装是基因组分析的关键，对物种起源与进化，挖掘功能基因进而研究疾病发生和发展具有重大意义。

       然而由于目前市面上广为应用的二代测序技术获得的测序序列一般都较短，因此如何通过短片段组装成完整的基因组成了亟待解决的问题。

       基因组组装可分为基于参考基因组的组装（Mapping assembly）和从头组装（denovo assembly）。两者主要的区别在于是否存在已知的基因组参考序列作为参照。本文我们主要介绍的是denovo组装，即不依赖任何基因组参考序列相关信息而进行的序列组装。目前，应用于主流的基因组denovo组装的算法主要有两个[1]：OLC方法 (Overlap-Layout-Consensus)和 DBG方法 (De-Bruijn Graph)[2]。

       而DBG方法的核心思想是将序列拼接问题转化为人们所熟知的欧拉图（Euler Graph）问题[3]。

       DBG方法内存消耗相对较低，运算速度快，且准确率高。

       目前主流的基因组装算法都是基于DBG方法改进设计的。

       前面我们说到基因组denovo组装两种方法，下面主要展开说说基于De-Bruijn Graph的组装算法的基本原理。此处，就以目前使用比较广泛，由华大基因团队开发的SOAPdenovo[4]为例。软件的参考文献[5]有兴趣可以在参考资料看一下读读。

       A：基因组DNA打断成小的片段，进行建库和双端测序。~bp的进行直接双端测序，长的片段2-kb的则先进行环化再进行双端测序。

       B：组装的核心部分，进行De-Bruijn Graph的构建。构建De-Bruijn图的第一步是将测序read k-mer化，而所谓的k-mer是指将reads分成包含k个碱基的字符串，即拿一个k长度的窗口在整个read上1个碱基一个碱基的滑动，每次滑动窗口内部都会产生一个k大小的序列,即为一个k-mer，因此一般长短为m的reads可以分成m-k+1个k-mers。其中k一定是奇数，如果是偶数遇到回文序列可能会产生完全相同的k-mers。我们将k-mers作为图的节点，如果两个节点有 K-1个共同重叠子集，就把两个节点连接在一起，这样就会形成De-Bruijn Graph，可以看到该图可以很好地展现出序列的顺序信息。

       C：进行图结构的精简。尽管前面步骤已经初步构建出图形，但是实际上由于测序错误，重复，杂合等原因，图上会出现很多类似翼尖（tips）、气泡（bubbles）等问题，因此还需要进一步简化。此处简化主要包含四个方面：1）去除tips（可能为测序错误导致的）；2）去除低覆盖度的路径；3）解开微小重复的区域（可以通过read穿过来解决）4）合并bubbles气泡区（可能为测序错误，重复或者杂合导致的）。

       D: 拆分出contig。在重复的节点处剪断，输出contigs。

       E: 构建scaffolds。重新用reads和contigs进行比对，使用paired-end信息来把单一的contigs连接成scaffolds。1）paired reads 比对到contigs上，使临近的contig建立连接；3）paired-end信息的不同插入片段被用来一步步从短到长的建立scaffold.

       F: 最终是把多个scaffold组装成无GAP的基因组序列。

       SOAPdenovo目前已更新到SOAPdenovo2, github[6]链接: github.com/aquaskyline/...。

       直接下载二进制[7]（ sourceforge.net/project...）

       源代码安装:

       安装完可以看到SOAPdenovo-mer，SOAPdenovo-mer两个执行文件。mer代表支持的kmer最大长度为，mer代表支持的kmer最大长度为，除了支持的kmer长度不同外，其他用法完全相同。

       SOAPdenovo由于计算量相对较大，对电脑的配置有一定的要求，官网对运行配置的说明：SOAPdenovo 的适用目标是大型植物和动物基因组，尽管它也适用于细菌和真菌基因组。它运行在至少 5G 物理内存的 位 Linux 系统上。对于像人类这样的大基因组，大约需要 GB 的内存。运行SOAPdenovo-mer即可看到SOAPdenovo主要包含了以下6个子命令：

       其中，1-5分别表示组装的4个步骤（1,2是两种构图方式，二选一），all则用于一次执行以上的4个步骤。实际应用中，可以使用SOAPdenovo all 一步式跑完，也可以分成4步单独去跑。

       soapdenovo需要一个配置文件config_file,里面给定输入文件和一些参数设置。 下面是配置文件的示例和说明：

       拆分式：

       一步式：

       输出文件：运行完会有不少的文件生成，其中后缀分别为contig和scafSeq即为对应组装结果，分别对应contig和scaffold的结果。

       下面我们找个NA样本的测序数据，具体来实践一下吧。

       下载测序数据：

       准备配置文件

       vi config_file， 填入以下内容：

       运行命令

       此处我们将程序运行的标准输出和标准错误都分别重定向到对应的log和err文件中了。一步式运行：

       四步单独运行：

       输出结果

       此处我们的测试数据做了截取，因此可以非常快速的跑完，具体的结果如下图所示，可以看到生成了不少的中间结果文件，其中组装出来的contig和scaford结果即图上圈出来的两个文件： *.contig：contig序列文件，fasta格式； *.scafSeq：scaffold序列文件，contig之间的gap用N填充 。

       *.log和*.err是运行的日志，里面包含很多的统计信息，如N，N，contig/Scaffold等信息。

       *.scaf：包括scaffold中contig的详细信息；在scaffold行中包括scaffold名字、contig长度和该scaffold长度。在contig行包括contig名字、contig在scaffold上的起始位置、正反链、长度和contig间的链接信息

       *.links：contig间的pair-end连接信息

       *.readOnContig：reads在contig上的位置。

       从sixoclock下载soapdenovo2

       此外，六点了官网基于CWL (common workflow language) 对SOAPdenovo2软件进行了封装，通过我们开发的`sixbox` 软件可以快速进行软件的运行。对sixbox不了解可以通过六点了官网了解下。下面是具体的运行步骤如下：

       1)下载cwl 源码

       sixbox pull cadc5-1a-4a-b-d6ee0db 或 在六点了官网上下载soapdenovo2.cwl

       2) 下载数据

       3) 使用sixbox生成参数模板文件(YAML) , 并配置yaml文件

       不熟悉的，可以直接粘贴下方示例内容到soapdenovo2.job.yam

       4）使用sixbox运行

       运行结束即可看到当前目录或者指定的输出目录输出对应的SOAPdenovo 组装的结果文件。

       至此，SOAPdenovo的实战体验基本就结束了。

       以上为我们给大家带来的基因组denovo的基本原理知识，以及在平台上运行经典的SOAPdenovo的详细操作过程。也欢迎大家去我们六点了官网看我们放上去的SOAPdenovo2的CWL流程工具。

       如果对生物医疗健康大数据相关内容感兴趣也可以持续关注我们。想要探索更多的软件流程或者知识文档，可以到六点了官网查看。

       References

       [1] 六点了官网: sixoclock.net

       [2] OLC方法 (Overlap-Layout-Consensus)和 DBG方法 (De-Bruijn Graph): zh.wikipedia.org/wiki/%...

       [3] 欧拉图（Euler Graph）问题: baike.baidu.com/item/欧拉图/

       [4] SOAPdenovo: github.com/aquaskyline/...

       [5] 参考文献: genome.org/cgi/doi/.1...

       [6] github: github.com/aquaskyline/...

       [7] 二进制: sourceforge.net/project...

初代Xbox和Windows NT 3.5源代码泄漏，是否能推动非官方模拟器的进一步发展？

微软初代Xbox游戏机和Windows NT 3.5源代码泄露，开发者社区受影响

       近期，初代Xbox游戏机的源代码以及Windows NT 3.5接近最终版本的代码在互联网上曝光，引发关注。据深空电脑网报道，Xbox的定制操作系统内核，即基于Windows 的版本，已证实确实在网络上流传，早些时候已被人发现。

       微软对此表示，他们已经注意到相关报道，并正在进行深入调查，发言人向The Verge确认了这一情况。泄露的内容包括开发环境、Xbox开发套件、测试用模拟器和内部文档，尽管这些内核和源代码在爱好者圈子中并非首次流通。

       值得注意的是，尽管市面上已有如CXBX、XQEMU和CXBX Reloaded等Xbox模拟器，但模拟初代Xbox操作系统和内核的能力有限，仅支持约款游戏，相比之下，初代Xbox拥有近款游戏。微软曾为自家平台提供专属模拟器，但目前仅限于Xbox One，PC端无此服务。

       Windows NT 3.5源代码的泄露同样引起关注，但鉴于其在年月就已停止支持，全球使用率极低，因此此次泄露并未构成重大安全威胁。实际上，早在年，部分Windows 和NT 4.0源代码，甚至年的Windows 源代码也曾被公开。

       这次源代码的泄露，无疑为开发者社区带来了研究和学习的机会，但也提醒了微软和用户注意保护敏感信息的重要性。

havok引擎版本演进havok引擎

       Havok引擎的版本演进始于年的游戏开发者大会(GDC)，首次发布1.0版本。紧接着，在年的GDC大会上发布了2.0版本，随后在年3月释出了4.5版本。Havok引擎的源代码在取得引擎使用授权后，开发者将收到。目前，Havok引擎可在包括微软的视窗操作系统、Xbox与Xbox、任天堂的GameCube与Wii、新力的PS2、PS3与PSP、苹果电脑的Mac OS X、Linux等操作系统或游戏主机上使用。该引擎使用C语言/C++语言编写，具有强大的物理模拟能力，支持多绘图处理器技术加速物理计算，如NVIDIA的SLI和ATI的CrossFire。

       在版本演进方面，Havok FX是为了与PhysX竞争而诞生的，它采用多绘图处理器技术加速物理计算。物理运算分为特效和游戏运算，特效运算如爆炸时的烟雾，由GPU的Shader Model 3.0进行运算，减轻CPU负担；而游戏物理运算则由CPU处理。但随着英特尔收购Havok，后者希望物理计算由CPU负责，因此GPU加速Havok FX的开发似乎已取消。

       MAXHavok插件是3dsmax4的一个重要组件，允许艺术家和漫画制作者轻松控制和模拟复杂物理场景。它支持综合的硬体和软体动力学、布料仿真和液体仿真，并能模拟关节身体的约束和连接。MAX Havok插件还支持物理现象，如风和马达，能创建多种动态环境。通过指定物理性质，如质量、摩擦和弹力，用户可以快速构建真实世界的场景，精确模拟人物动画关键帧。实时仿真窗口允许用户交互测试和播放场景，极大地节省设计时间。

       自Havok引擎发布以来，它已被应用于超过个游戏之中。最初，大多数使用Havok引擎的游戏是第一人称射击类，但随着游戏复杂度和规模的增加，其他类型的游戏也寻求更真实物理表现。大量PS2、Xbox平台的游戏采用了Havok引擎。Havok引擎是Havok公司开发的一款物理引擎，广泛应用于设计学（3D MAX）和游戏开发，是最早支持DirectX 9的物理引擎之一，是目前世界上最快、最方便的跨平台游戏图形解决方案，也是应用最为广泛的物理引擎之一，已有近款游戏使用Havok引擎。

       此外，《帝国III：发现时代》是第一款支持DircetX 9.0C(Sharder Model3.0)的即时战略大作。越来越多其他类型的游戏采用Havok引擎，如即时战略游戏帝国时代III与星际争霸II，竞速游戏音速小子与摩托风暴。在3D Studio Max和Maya 3D等软件中，Havok引擎也以插件的形式出现，为用户提供强大的物理模拟能力。

扩展资料

       Havok引擎，全称为Havok游戏动力开发工具包（Hvok Game Dynamics SDK），一般称为Havok，是一个用于物理系统方面的游戏引擎，为电子游戏所设计，注重在游戏中对于真实世界的模拟。使用撞击监测功能的Havok引擎可以让更多真实世界的情况以最大的拟真度反映在游戏中。